Великий Новгород с августа 1941 по январь 1944 года был оккупирован немецкими войсками. И все эти месяцы находился в непосредственной близости от линии фронта. Город был разрушен почти до основания. Но безвозвратные потери этих лет можно объяснить не только бомбардировками и артиллерийскими обстрелами, но и систематическим грабежом и вандализмом немецких и испанских солдат. Хотя многие экспонаты Новгородского музея удалось эвакуировать, значительная часть фондов оказалась всё же захвачена гитлеровцами. Трудно оценить тот ущерб, который был нанесён тогда новгородским музеям, многие ценности (картины, изъятые из дворянских усадеб после 1917 года, нумизматическая коллекция, фототека и другое) пропали бесследно.
Большой интерес проявляли оккупанты и к тем ценностям новгородских музеев, которые удалось спасти. Немцы не знали о том, что знаменитые Магдебургские врата удалось вывезти в советский тыл. Абвером была образована специальная группа под руководством агента Зинина. Одной из её основных задач был поиск этого выдающегося средневекового произведения искусства.
Что же касается легенды о затопленных колоколах, то она появилась из-за того, что во время эвакуации части музейных коллекций летом 1941 года на баржах по реке Волхов несколько судов оказались затоплены в результате немецкой бомбардировки.