Старшая дочь Эхнатона и Нефертити Меритатон родилась в начале их правления. Предположительно, она появилась на свет около 1356 года до н. э., когда отец Меритатон унаследовал власть. Вслед за Меритатон Нефертити родила мужу еще пять дочерей — Мекитатон, Анхесенатон (позже — Анхесенамон), Нефернефруатон-ташерит, Нефернефруру и Сетепенру.
Царицу Нефертити часто изображали играющей на музыкальном инструменте систре. Нередко рядом с Нефертити изображали и её первенца Меритатон («Возлюбленная Атоном»). Супруга и дочь фараона участвовали в религиозных обрядах, восхвалявших бога Атона.
На стелах строящегося города Амарна изображалась семья фараона, молящаяся солнечному диску. На них запечатлены старшие дочери правящей четы — Меритатон и Мекетатон. Другой рельеф изображает Эхнатона и Нефертити, держащими своих дочерей на коленях.
На более позднем рельефе Нефертити изображена играющей с двумя младшими дочерьми, в то время как три старшие, включая Меритатон, стоят рядом, держась за руки.
В царском дворце Амарны работали профессиональные парфюмеры, обслуживавшие интересы женщин правящей династии. Во дворце старшей дочери Нефертити за парфюмерию отвечал человек, носивший звание «производителя мазей в доме царевны Меритатон».
Когда Меритатон повзрослела, в её владение был передан Северный дворец Амарны. Он являлся загородной резиденцией фараона. Дворец находился за пределами стен города. Во дворце были залы для официальных приёмов, скульптуры членов правящего дома, тронный зал. Стены украшали фрески и клетки для живых птиц, а вокруг дворца располагались сады, где жили прирученные и дикие звери.
В 1340 году до н. э. работа над строительством Амарны завершилась. Правители решили отметить это пышной церемонией, приглашения на которую были отправлены в соседние страны — Нубию, Ливию, в земли Леванта и Хеттское царство. Царь Кипра не явился, но отправил Эхнатону и Нефертити в качестве подарка сотню талантов меди и благовония.
Церемония состоялась на восьмой день пятого месяца двенадцатого года правления Эхнатона в Амарне. Во время церемонии фараона и его жену сопровождали их старшие дочери. Супруги прибыли к месту празднества в паланкине, затем заняли место на возвышении. Послы соседних стран вручили фараону свои дары — драгоценности, специи, рабов и живых зверей, в том числе льва. Животные пополнили зверинец около Северного дворца Меритатон. Шесть дочерей Эхнатона и Нефертити стояли позади родителей во время приношения даров.
В следующем году семью фараона постигла утрата — умерла вторая дочь Макетатон. Рельефы, посвящённые похоронам царевны, изображают её скорбящих родных, в том числе и царевну Меритатон.
Ряд храмов и статуй эпохи Эхнатона был посвящён ещё одной супруге фараона Кийе. Позже многие из этих статуй были переделаны в статуи Меритатон, а храмы посвящены старшей дочери Нефертити. Вероятно, внутри правящей династии произошёл конфликт. Память о Кийе была стёрта. Некоторые её статуи были изуродованы, другие переделаны в статуи дочерей Эхнатона.
Предположительно, Сменхкара тоже недолгое время был фараоном, а его женой стала Меритатон. На рельефе в одной из гробниц они изображены как правители Египта.
Личность Сменхкары вызывает много дебатов. Ориентируясь на традиции наследования власти в Египте, часть исследователей признаёт его старшим сыном Эхнатона не от Нефертити. Также он мог быть младшим братом фараона, то есть дядей своей жены.
Спорили также, правил ли он самостоятельно или был лишь соправителем Эхнатона. Предположительно, Сменхкара умер раньше своего тестя и соправителя. Но Меритатон сохранила титул и осталась важной фигурой при дворе отца. Царь Вавилона Бурна-Буриаш посылал ей дары. Сохранилось также письмо Меритатон от правителя Тира Абимилки, в котором он сообщает об обстановке в своём царстве.
Среди надписей Амарны обнаружено упоминание девочки из правящей династии по имени Меритатон-ташерит. Предположительно, это была дочь Меритатон и Сменхкары.
Информации об обстоятельствах смерти Меритатон нет. Вероятно, она умерла вскоре после своего мужа. Новым фараоном Египта вскоре стал знаменитый Тутанхамон.