Версий происхождения Багратионов существует довольно много, но большинство из них носит скорее характер легенд и преданий. Среди прочего фамилию связывают с древними армянскими царями Айкидами. Очень популярна также теория о том, что предком Багратионов был библейский царь-пророк Давид. Именно она приводится в «Общем гербовнике дворянских родов Российской империи», хотя о каких-то серьёзных подтверждениях в этом случае говорить, конечно же, трудно.
По версии жившего в 18-м веке грузинского царевича и историка Вахушти Багратиони, история его рода начинается с некоего Гуарама, который в 508 году переселился в Грузию. Потомки первых Багратионов начинают править Грузией сначала под покровительством Византийской империи, а после арабского завоевания носят титулы верховных князей — эрисмтаваров. При этом, согласно другим оценкам, династию стоит отсчитывать со второй половины 8-го века.
В 1008 году первым царём объединённой Грузии становится Баграт III, и по этому поводу у историков уже нет разночтений. Багратионы будут править Грузией до конца 15-го века, когда страна разделилась на три царства — Имеретинское, Картлийское и Кахетинское. Но и после распада государства в каждом из царств у власти находилась своя ветвь Багратионов. Число выдающихся правителей и военачальников, появившихся в роду за всё это время, просто не поддаётся подсчёту.
Подробнее стоит рассказать об Александре Иессеевиче Багратионе, который одним из первых представителей династии перешёл на российскую службу. Произошло это в 1758 году: князь вынужден был покинуть родину по политическим причинам. В России он в чине подполковника служил в грузинском конном эскадроне в Кизляре. Дети Александра Иессеевича пошли по его стопам. Служба Багратионов России не осталась незамеченной, и в 1803 году царь Александр I внёс династию в число российских княжеских родов.
Самым известным Багратионом в России по праву считается внук Александра Иессеевича, князь Пётр Иванович Багратион. Он прошёл через множество военных кампаний и был одним из ближайших сподвижников Суворова. В 1812 году в битве при Бородино армия Багратиона составляла левый фланг русских войск и понесла тяжёлые потери, а сам князь был смертельно ранен осколком ядра. К 1810 году самостоятельность грузинских царств — Картли-Кахетинского и Имеретинского — была ликвидирована. Они окончательно вошли в состав Российской империи. Правившие там ветви Багратионов лишились власти. Позднее представителей династии насильно вывезли в Россию и лишь в 1841 году их признали членами «бывшего Грузинского царского дома».
Так или иначе, многие Багратионы добились немалых успехов на государевой службе. К примеру, племянник героя Отечественной войны Пётр Романович в 1870-х был губернатором всей Прибалтики. Другой Багратион, Дмитрий Петрович, в годы Первой мировой войны командовал знаменитой Дикой дивизией, состоявшей из горцев-мусульман. После революции перешёл на сторону большевиков.
В 1911 году Багратионы даже породнились с императорской династией. Княжна Татьяна Константиновна Романова (правнучка Николая I), несмотря на противодействие семьи, вышла замуж за молодого князя Константина Багратион-Мухранского (он происходил из боковой ветви семейства). Из-за этого ей пришлось отказаться от прав на престол для себя и будущих потомков. Князь был убит на фронте, а Татьяна Константиновна после революции уехала с детьми в Европу.
После 1917 года судьба Багратионов сложилась по-разному, но многие из них тоже решили покинуть страну. Багратион-Мухранские и вовсе эмигрировали дважды: после первого раза семья вернулась, но жизнь в советской России оказалась ещё хуже нищеты в эмиграции, и в 1931 году они уехали окончательно.
В наши дни многие грузинские монархисты считают главой семейства театрального режиссёра из Тбилиси, князя Нугзара Петровича Багратион-Грузинского. При этом как раз сейчас в династии царит разлад. Совсем недавно Нугзар Петрович подал иск к Давиду Багратион-Мухранскому, обвинив его в незаконном присвоении царских полномочий. Тбилисский суд это дело рассматривать отказался.