В 1990 году в жители Киргизии остро почувствовали проблему нехватки земли: дело в том, что в крупные города — такие, как Ош или Фрунзе (сейчас это Бишкек), стали массово переселяться люди из сельской местности, но советское законодательство не подразумевало, что им могут выделить землю под строительство жилья. Недовольные граждане всю весну 1990 года выходили на митинги, требуя предоставить им участки под застройку, но добиться своего у них не получалось. Митингующие от лозунгов перешли к угрозам и пообещали в случае невыполнения их условий начать самозахват земель.
Во время протестов зародилось сразу несколько киргизских молодёжных движений, которые выступили с разными требованиями-: одни настаивали на выделении земли, другие требовали ускорить происходившие в СССР реформы, третьи высказывали обеспокоенность по поводу сохранения киргизского языка и культуры.
Это происходило, несмотря на то, что недавно в республике приняли закон о языке: государственным признавался киргизский, а языком международного общения — русский. Это решение, в свою очередь, вызвало негативную реакцию со стороны узбекского населения Киргизии — в районе Джалал-Абада и Оши на тот момент проживало около 500 тысяч узбеков, которые обратились к руководству СССР с просьбой предоставить им автономию, объясняя это ущемлением собственных интересов.
Нарастание национального конфликта усугублялось недавней чередой этнических столкновений: не успели ещё забыться кровавые столкновения в Ферганской долине между узбеками и турками-месхетинцами, резня в Баку, где азербайджанцы устроили армянские погромы, ереванские события конца весны, где радикалы вступили в открытое противостояние с солдатами советской армии. Неслучайно президент СССР Михаил Горбачёв в своей книге «Жизнь и реформы» подчёркивал, что в то время именно национальные проблемы «держали общество в напряжении».
Митинги в колхозе имени Ленина
В самом конце весны события начали развиваться стремительно: в городе Ош 27 мая киргизы собрались на очередной митинг — они решили провести его на территории колхоза имени Ленина, который вплотную прилегал к городской территории. На акцию пришло около пяти тысяч человек, руководство города уже не могло проигнорировать её: на место приехал председатель облисполкома, который под напором толпы пообещал выделить несколько десятков гектаров хлопковых полей из территории колхоза под застройку. Киргизы тут же провели специальную церемонию: они зарезали на отведённой земле жертвенную лошадь и поклялись не отдавать территорию, которая досталась им с таким трудом.
Проблема заключалась в том, что практически всё работники колхоза — около 95% - были узбеками: они не только трудились на этой земле, но и жили тут же. Передачу территории местные жители восприняли как личное оскорбление: на земле, которую власти уже пообещали отдать под застройку, 30 мая они провели собственный митинг, во время которого выдвинули свои требования — создать ошскую автономию внутри республики и наделить узбекский язык статусом одного из государственных.
Перечень условий, при которых закончатся протесты, участники митинга передали властям и назначили им срок, в который они ждут ответа, — до 4 июня. Киргизы, в свою очередь, тоже ждут ответа от руководства страны — и тоже до 4 июня.
Из-за конфликта многие люди в это время буквально остаются на улице: на фоне усиливающейся национальной розни узбеки выгоняют из арендованных квартир киргизов и наоборот. Потерявшие жильё люди чаще всего присоединяются к протестующим, которые отстаивают их интересы. Землю под застройку в колхозе имени Лёнина киргизам, кстати, так и не выделили — республиканская комиссия признала это решение незаконным и предложила гражданам другую территории, некоторые из них не согласились и настаивали на передаче обещанных хлопковых полей.
«Кровь за кровь»
Уже с шести часов утра 4 июня к совхозу имени Ленина начали стягиваться узбеки и киргизы — в КГБ на тот момент уже ждали начала столкновений на спорных территориях. Узбеков пришло гораздо больше — около 10 тысяч, в то время как киргизов собралось около полутора тысяч. При этом узбеки, понимая, как могут развиваться события, предусмотрительно забрали всех своих детей из детских садов. К вечеру две толпы встали друг напротив друга — их разделяла только колонна сотрудников милиции, вооружённых автоматами.
Около 19:00, несмотря на присутствие силовиков, начались столкновения: согласно основной версии тех событий, узбекская молодёжь, прилично выпив, начала закидывать киргизов камнями через милицейский кордон. Потом колонну силовиков попытались прорвать — камни и бутылки полетели уже и в сотрудников правоохранительных органов. Узбекам удалось захватить двух милицейских, после чего их коллеги открыли стрельбу по толпе. Противостояние сторон стало абсолютно неуправляемым: в течение получаса толпу удалось разогнать, на территории колхоза осталось лежать шесть убитых (по другой информации, только раненых) узбеков.
Подняв тела на руки, толпа узбеков ринулась в Ош, скандируя «Кровь за кровь!» Протестующие врывались в дома киргизов и громили всё на своём пути, переворачивали и поджигали автомобили. Группа киргизов, возвращавшаяся в город из колхоза, увидела результаты погромов: они стали собирать людей из соседних деревень, чтобы дать отпор узбекам. Последние не ограничились шествием по городу и даже попробовали захватить несколько административных зданий — отделение полиции, следственный изолятор и здание горисполкома. Впрочем, у них ничего не получилось: сотрудники милиции задержали несколько десятков человек.
Масштабное столкновение на территории колхоза удалось предотвратить, однако в следующие дни конфликт разгорелся с новой силой. 5 июня в город стянулись киргизы из сельской местности — по дороге они искали узбеков: их избавили, а в некоторых случаях даже убивали. В то же время узбекский анклав Узген на территории Киргизии полностью «зачистили»: всех киргизов с помощью угроз заставили уехать из города. На их место приехали тысячи узбеков из Ферганской долины — общее количество узбекского населения, несмотря на разгоравшийся национальный конфликт, не только не сократилось, но даже увеличилось примерно на 20 тысяч человек.
Киргизы перешли к ответным действиям: в ночь на 6 июня их вооружённый отряд вошёл в Узген и начал перестрелку — точное количество жертв так и осталось неизвестным. Пылала уже не только Ошская область — в соседнем Узбекистане местные жители начали поджигать дома киргизов, те были вынуждены перебраться к себе на родину. Сотрудники милиции пытались препятствовать проникновению в Ош тысяч сельских жителей, которые направлялись туда с целью отомстить противникам, однако для того, чтобы остановить людей, у правоохранителей было недостаточно сил. Прекратить кровопролитие удалось только с помощью регулярной армии: были зафиксированы случаи столкновения с солдатами, но вскоре протестующим стало понятно, что противостоять армии у них не получится.
По данным советской Генпрокуратуры, в конфликте с обеих сторон принимало участие около 30−35 тысяч человек. Количество жертв, по официальным данным, превысило 300 человек, по другой версии, убитых было более 10 тысяч. К уголовной ответственности, правда, привлекли всего лишь около 300 человек: в скором времени их всех отпустили — сразу же после того, как Киргизия приобрела независимость.