Ещё весной 1967 года арабо-израильские отношения были относительно спокойными, и о войне не было и речи, тем более что египетские военные были задействованы в гражданской войне в Йемене.
В то же время отношения Израиля с Сирией были обострены по нескольким причинам: конфликт из-за водных ресурсов, конфликт из-за контроля над демилитаризованными зонами вдоль линии прекращения огня 1948 года и поддержка сирийским правительством военизированных группировок палестинских арабов, совершавших диверсии против Израиля. Весной 1967 года столкновения на сирийско-израильской границе происходили всё чаще. Взаимные обвинения в провокациях и нарушении границ и договорённостей, в конце концов, привели к открытому вооружённому конфликту.
Всего три недели потребовалось сторонам, чтобы подготовиться к боевым действиям. К началу июня Египет, Сирия, Иордания, Ирак и Алжир стянули свои силы к израильским границам.
Однако первым атаковал Израиль. Утром 5 июня 1967 года израильские ВВС за несколько часов уничтожили воздушные силы арабской коалиции. Подготовка к авиаудару проводилась в полной секретности. Сами израильские пилоты узнали о предстоящей операции лишь за 5 часов до неё.
Разгром воздушного флота противника в первый же день войны позволил израильским ВВС добиться почти полного господства в небе. Практически не встречающие сопротивления бомбардировки арабских колонн и позиций израильскими ВВС, в том числе с применением напалма, были важнейшим фактором деморализации египетской, сирийской и иорданской армий.
Израильская стратегия подразумевала избегать операций против Иордании и Сирии, пока не будет одержана победа на Синайском фронте. В то же время Израиль стремился установить контроль над Иерусалимом. Несмотря на то, что королю Хуссейну было предложено сохранять нейтралитет в обмен на обещание о ненападении, арабское давление заставляло короля вступить в войну.
По различным данным, Израиль потерял в этой войне убитыми от 776 до 983 человек, Египет — до 15 тыс., Иордания — 696, Сирия — до 2,5 тыс. человек, Ирак — 10 жертв.
Израиль по итогам войны захватил Синайский полуостров, Сектор Газа, Западный берег реки Иордан, Восточный Иерусалим и Голанские высоты. В общей сложности Израиль получил контроль над территорией, в 3,5 раза превосходящей его довоенную площадь.
Во время беспорядочного отступления египтян с Синая Израиль захватил большое число пленных (предположительно более 20 000 человек). Большинство было переправлено через Суэцкий канал и распущено по домам. Множество египтян погибло от жажды, ранений или пропало без вести. Около 5 тысяч пленных египетских офицеров, включая генералов, были обменены на 10 пленных израильтян.
В ходе и непосредственно после войны Западный берег реки Иордан покинуло около четверти его арабского населения (от 200 000 до 250 000 человек). Сектор Газа покинуло около 70 000 человек, а Голанские высоты от 80 000 до 100 000 человек. После войны израильское правительство заявило, что позволит вернуться всем беженцам, которые пожелают. Однако на практике разрешено вернуться было только 17 000 человек из 120 000 изъявивших желание.
В связи с победой Израиля и поражением арабов еврейское меньшинство, всё ещё проживавшее в арабских странах, немедленно подверглось преследованиям и изгнанию. Толпы атаковали еврейские кварталы в Египте, Йемене, Ливане, Тунисе, Марокко, сжигая синагоги и нападая на евреев.