Первые упоминания крепости датируются 1240 годом, когда Александр Невский одержал на Неве победу над рыцарями Тевтонского ордена, а шведы, в свою очередь, отстроили в Копорском погосте деревянные укрепления. Они активно использовались после опустошительных набегов на окрестные русские земли и города. После одной из подобных вылазок в 1241 году объединённые отряды карел и ладожан во главе с Александром Ярославичем направились в ответную экспедицию в сторону Копорья. Окончательно вытеснить неприятеля удалось в 1242 году в битве на Чудском озере, а чуть позднее победа в сражении под Раковором (1268) позволила на продолжительное время остановить разрушительную интервенцию со стороны шведско-немецких орденов. Понимая важное стратегическое положение Копорья, сын Александра Невского князь Дмитрий помог возвести каменные стены вокруг крепости, переехав со всей семьей в обновлённую твердыню.
Постепенно Копорская крепость становится важным стратегическим и экономическим центром северо-западного региона Руси. Окончательный вид цитадель получила в начале 16-го века уже по приказу московского правительства. В твердыне постоянно находился новгородский наместник, который представлял центральную власть и следил за тем, чтобы жители не обрели излишнюю самостоятельность. Лишь с середины 14-го века новгородцы начали приглашать в качестве посадников литовских князей, которые со своими дружинами обеспечивали оборону окрестных ладожских, карельских и ореховских земель. За военную службу они получали половину доходов со всех окрестных волостей.
На рубеже 15−16-го вв. новгородцы вернули себе значительную часть территории по берегам Финского залива, и в то же время началось строительство новой крепости на реке Нарове — Ивангорода. Так было закреплено присутствие русских на отвоёванных землях. На фоне основания новой твердыни и непрекращающихся столкновений с Ливонским орденом в начале 16-го века провели реконструкцию и Копорской крепости. В том же столетии Копорье становится важнейшим стратегическим объектом в значительно расширившихся западных владениях Руси. Укрепившись на границе с Прибалтикой, Московское государство активизировало попытки экспансии дальше на запад. Так, в 1533 году объединённое русское войско из московских, новгородских и псковских отрядов вторглось в земли Ливонского ордена в ответ на продолжительную экономическую блокаду приграничных русских территорий.
Постепенно обостряющийся конфликт на западной границе перешёл в полномасштабную Ливонскую войну, начавшуюся в 1558 году. Первые годы для русских войск были удачными, удалось захватить ливонскую крепость Вильянди (1559), фактически уничтожив основное войско ордена. Постепенно в войну вступила Литва, Швеция, а чуть позже и Польша, что существенно осложнило дальнейшее продвижение русских. Это привело к очередной осаде Копорской цитадели в 1582 году шведами. Завоёванная крепость располагала гарнизоном около 500 человек во главе с комендантом Алафом Ериксоном. Шведы обложили огромной податью местное население, что приводило к периодическим восстаниям и партизанским вылазкам. Часть жителей, не выдержав оккупации, бежали со своих земель. Провизия постепенно заканчивалась, и шведские войска были вынуждены уйти из пустующей крепости, оставив незначительные отряды для охраны твердыни.
Затянувшаяся война привела к мирным переговорам в деревне Плюсс в 1583 году. В результате подписанного соглашения шведам отошли значительные земли вдоль Финского залива, в том числе крепости Ивангород, Ям и Копорье. Боясь реванша русских, шведские гарнизоны начинают спешно укреплять пошатнувшиеся позиции на вновь обретённых территориях. Для этого были построены деревянные копии крепостей Копорье и Ям. В 1590 году ответный удар был осуществлён сыном Ивана Грозного, Фёдором, который отправил большое русское войско на осаду шведской твердыни. Так Ижорские земли были освобождены, правда, ненадолго.
В течение следующего столетия крепость не раз переходила под контроль Речи Посполитой, и лишь в 18-м веке северо-западные земли окончательно вошли в состав Российского государства. В 1700 году в ходе Северной войны войска под командованием Бориса Шереметева выдвинулись на захват Копорья. Крепостью успешно завладели, а отступающие шведские войска настиг недалеко от твердыни драгунский полк под командованием копорского ямщика Ивана Григорьева. Занять крепость окончательно удалось лишь 23 мая 1703 года после продолжительного артобстрела. Ворота цитадели открылись, и русские войска овладели стратегически важным форпостом. После непродолжительных переговоров русские согласились отпустить оставшийся шведский гарнизон, присвоив себе все боеприпасы и оружие. Шереметев отрапортовал в своём письме Петру I об окончательной сдаче вожделенной крепости. Уже 1 июня Петр вместе с Меншиковым прибыли в освобождённую твердыню. Царь лично желал осмотреть отбитые у шведов старинные русские земли, чтобы иметь представление, как в дальнейшем их укрепить и осуществить адекватный превентивный удар. В ближайшие годы Пётр ещё дважды посетит Копорье: в 1704 и 1706 годах.
После проведения масштабной земельной реформы в 1706 году на месте отвоёванных земель была учреждена первая Ингерманландская губерния. Управителем был назначен светлейший князь Меншиков. В состав губернии вошли города бывшего Новгородского приказа, Ижорские земли, Олонецкие верфи и территории вдоль реки Онеги. В том же году провели первую перепись населения. Однако из-за того, что Копорская крепость находилась достаточно далеко от моря, вскоре она утратила своё стратегическое значение в глазах царя, мечтавшего о завоевании прибалтийских земель. Эта территория постепенно превратилась в малозначительную провинциальную губернию, которая переходила от одного крупного вельможи другому.
В начале 20-го века крепость снова обрела свою изначальную оборонительную функцию: сначала в противостоянии белогвардейцев и советской власти в 1919 году, а спустя чуть больше 20 лет во время Великой Отечественной войны у стен крепости происходили непродолжительные военные столкновения между советскими и немецкими войсками. Лишь в 2001 году Копорская крепость получила статус музея, где в каждое последнее воскресенье июля отмечается собственный праздник — «Копорская потеха». В ходе празднования проходит костюмированный парад, завершающийся торжественным фейерверком для всех гостей.