Иван Васильевич Бабушкин родился 3 января 1873 года в крестьянской семье в небольшом селе Вологодской губернии. Детство и юность он провел в бедности и голоде. После ранней смерти отца Бабушкин жил у своего дяди, учился в земской школе и старался заработать на хлеб, берясь за любой труд. Будучи 10-летним мальчиком, Бабушкин переехал в Петербург, где от голода и изнурительной работы вскоре попал в больницу.
«Присматриваясь к петербургскому рабочему, я начал понимать, что питерцы — очень хорошие работники; что хотя они довольно много выпивают, но зато, работая день и ночь, вырабатывают по восемьдесят и по сто рублей в месяц. Мне, с 18-рублёвым заработком в месяц, это казалось идеалом, к которому я должен был стремиться», — вспоминал Иван Бабушкин.
Первым серьезным местом работы Бабушкина стала механическая мастерская Семянниковского завода, именно там он посещал вечернюю школу, где познакомился с Лениным, который вел марксистский кружок. Оказавшись под влиянием Ленина, Бабушкин проникся революционными идеями. Вскоре Бабушкин стал активным членом «Союза борьбы за освобождение рабочего класса» в Петербурге. Там он проработал до своего ареста.
«Идея создания за границей политической газеты, которая послужила бы делу объединения и укрепления с.-д. партии, обсуждалась вместе с ним его старыми товарищами по петербургской работе — основателями «Искры» — и встретила с его стороны самую горячую поддержку», — писал о роли в создании революционной газеты Бабушкина Владимир Ленин. В 1900 году Бабушкин в «Искре» стал одним из первых агентов и корреспондентом.
Иван Бабушкин был арестован в 1896 году, затем в 1901. В 1902 году он смог устроить побег из екатеринославской тюрьмы, после чего направился в Лондон. Там он встретился с Лениным. «Много переговорено было там, много вопросов обсуждено совместно», — писал Владимир Ильич о встречах с Бабушкиным.
Уже в 1903 году Бабушкин был вновь арестован и выслан в Сибирь, где пробыл в заключении до 1905 года. Во время революции он был одним из руководителей Читинского восстания. В первые дни января 1906 года Бабушкин, сопровождавший состав с оружием, был задержан. 5 января 1906 года его и других революционеров расстреляли на Станции Мысовая.
«Бабушкин пал жертвой зверской расправы царского опричника, но, умирая, он знал, что дело, которому он отдал всю свою жизнь, не умрет, что его будут делать десятки, сотни тысяч, миллионы других рук, что за это дело будут умирать другие товарищи-рабочие, что они будут бороться до тех пор, пока не победят», — такими словами заканчивал некролог Бабушкину Владимир Ленин. Город Мысовск в Бурятии, где был убит революционер, в 1941 году был переименован в Бабушкин.