В 1620 году бежавшие от преследования английских властей отцы-пилигримы приплыли в Северную Америку на корабле «Мейфлауэр» и основали там Плимутскую колонию. Постепенно на территории современного штата Массачусетс появлялось все больше поселений колонистов — по большей части пуритан. В 1630 году была основана колония Массачусетского залива (в числе ее городов были Бостон и Сейлем). Количество плимутцев тем временем выросло до нескольких сот жителей. У них появился магистрат и подобие местной аристократии.
С ростом колоний неизбежно портились их отношения с коренным населением. Первыми из европейцев на новых территориях появлялись торговцы. Они и завязывали отношения с индейцами. Были в их числе и откровенные контрабандисты. В июле 1636 года индейцы убили английского торговца Джона Олдэма. Расправа произошла на острове Блок-Айленд (современный штат Род-Айленд, 23 км от материка). Власти Массачусетса решили воспользоваться инцидентом, чтобы продемонстрировать силу. Как раз тогда колонисты вели переговоры с пекотами, не желавшими уступать земли между реками Коннектикут и Наррагансет.
Летом 1636 года против индейцев с острова Блок-Айленд была направлена вооруженная экспедиция. Налетчики уничтожили все деревни краснокожих, а их жители либо погибли, либо бежали на материк. Затем последовал рейд в устье реки Коннектикут. Так началась Пекотская война. Индейцы также устраивали собственные вылазки, однако единственным заметным их успехом стало уничтожение только что основанного Уэтерсфилда. Контратаки колонистов были гораздо разрушительнее и смертоноснее. Кроме того, в этом конфликте англичане умело воспользовались противоречиями между индейскими племенами. Колонисты не только не дали соседям объединиться, но и заручились поддержкой наррагансетов.
Кульминацией войны оказалась резня в деревне Мистик, случившаяся 26 мая 1637 года. Англичане атаковали поселение глубокой ночью после праздника. Жертвами штурма стали не только взрослые мужчины, но также дети, женщины и старики. Окруженную деревню забросали факелами, пытавшихся спастись убивали. Пекоты, которые смогли перебраться через собственный частокол, были встречены осаждавшим отрядом и без исключения перебиты. Именно тогда жестокость колонистов отвратила от них наррагансетов — те сложили оружие и вернулись в родные деревни.
Сахемом (вождем) пекотов являлся Сассакус. Во время атаки англичан его не было в деревне — вместе с верным отрядом он собирался совершить рейд по английским поселениям. Узнав о случившимся, вождь изменил планы и попытался найти поддержку у еще одного племени — метоаков. Те отказали. 13 июля 1637 года англичане настигли Сассакуса вместе с еще сотней индейцев неподалеку от города Фэйрфилд, основанного на юге Коннектикута два года спустя. Бой произошел на болоте, поэтому в историографии он также известен как Великое Болотное сражение. После очередного разгрома пекоты окончательно капитулировали. Сассакус спасся, бежал к ирокезам, но те предали его, обезглавили, а голову отправили колонистам в качестве подарка. Командующий англичанами на болотах Фэйрфилда Джон Мэйсон двадцать лет спустя основал «розу Новой Англии» — город Норвич.
Войну пережило всего 200 пекотов (накануне конфликта их численность составляла около 4 тысяч человек). На освобожденной от индейцев земле возникли новые колонии — Коннектикут и Нью-Хейвен. Наррагансеты, несмотря на временный альянс с чужаками, вскоре разделили участь пекотов. Пленные той войны стали первыми рабами в Новой Англии. Правда, в этом регионе невольничество так и не получило широкого распространения в связи с условиями ведения хозяйства — рабский труд здесь был не так выгоден, как на южных плантациях. Часть порабощенных индейцев погрузили на корабли и отправили на Бермудские острова. Набожные пуритане приписывали свои победы божьей воле.
После Пекотской войны была предпринята первая попытка английских колоний объединиться и скоординировать свою деятельность. Конфедерацию Новой Англии, появившуюся в 1643 году, создали для разрешения внутренних пограничных конфликтов и борьбы с индейцами. Этот союз просуществовал одно поколение.
В середине XVII века английская колонизация Северной Америки несколько замедлилась из-за сложностей на родине, и коренное население получило временную передышку. Мир продолжался 38 лет. В 1675-м началось новое кровопролитие — война короля Филипа (такое прозвище англичане дали вождю вампаноагов Метакомету). Именно она стала поворотной точкой в истории колонизации Северной Америки. После войны короля Филипа, отличавшейся еще большей ожесточенностью с обеих сторон, преобладание европейцев над индейцами в Новой Англии приняло необратимый масштаб. Уже в 1691 году колония Массачусетского залива, Плимутская колония и колония Мэн объединились в провинцию Массачусетс — самую большую колонию из тринадцати, подписавших Декларацию независимости США.
В 1998-м в Коннектикуте был открыт музей пекотов. Его строительство (стоившее 193 млн долларов) спонсировала индейская резервация, которой принадлежит прибыльное казино.