При жизни Сталина НКВД через свою агентуру распространял в народе слух, что вождь перед принятием самых важных решений спускается в одиночестве в Мавзолей «посоветоваться с Ильичом». 9 марта 1953 года товарищ Сталин спустился в Мавзолей, как казалось, навсегда, но через восемь лет, в ночь с 31 октября на 1 ноября 1961 года, покинул его.
Объявив скорое, в 1980 году, наступление коммунизма (который, по старому советскому анекдоту, был заменён на Олимпийские игры), Хрущёв решил дать новый импульс процессу десталинизации. За несколько месяцев до открытия ХХII съезда КПСС (октябрь 1961 года) вновь возникла тема вины «вождя народов» в смерти Кирова. Хрущёв ухватился за неё, по его заданию разные комиссии пытались связать убийство со Сталиным. В мае Президиум назначил новое расследование дела Кирова. В сентябре отчёт был готов, но его центральной темой стали показательные процессы 1937 года над Бухариным и Рыковым.
Как бы то ни было, XXII съезд прошёл под знаком борьбы со сталинизмом и сталинистами. Хрущёв вновь заговорил об «антипартийной группе». Её уже почти забыли, но теперь она понадобилась для атаки на критиков нового видения коммунизма.
Партия рискует оторваться от масс, не мыслить творчески, гнул он своё, если будет молчать о преступлениях Сталина, а члены «антипартийной группы», «прикованные к прошлому», «несли личную ответственность за многие массовые репрессии».
Решение Хрущёва заново накинуться на Сталина объяснялось не только желанием оправдаться (гигантские грехи других преуменьшали его собственные), но и политикой. Новая программа партии заявляла о разрыве со сталинскими догмами, поэтому требовалось более глубокое понимание культа. И XXII съезд пошёл дальше ХХ, включая обещание установить памятник жертвам сталинизма. Ответственность Сталина за репрессии теперь стала официальной политикой государства. И пора, посчитал Хрущёв, вбить последний гвоздь в гроб сталинизма.
Ещё за несколько недель до начала XXII съезда на собраниях рабочих Кировского и Невского машиностроительных заводов в Ленинграде и Московского завода имени Владимира Ильича прозвучало предложение перезахоронить Сталина. 30 октября, в последний день работы съезда, первый секретарь Ленинградского обкома Иван Спиридонов выступил за то, чтобы «переместить прах Сталина из Мавзолея». Его поддержал московский коллега Пётр Демичев.
Следом за партийными боссами столиц по сценарию должен был выступить первый секретарь ЦК компартии Грузии Василий Мжаванадзе. Но на малой родине Сталина, хоть и пострадавшей от террора наравне с другими, многие гордились тем, что их земляк правил Россией и едва ли не половиной мира в придачу, и видели в развенчивании Сталина антигрузинский выпад. В марте 1956 года, после доклада Хрущёва на XX съезде, в Тбилиси возникли беспорядки с человеческими жертвами. Мжаванадзе удалось отбояриться от выступления: он явился на заседание с шарфом на шее и прошептал, что потерял голос. Выйти на трибуну пришлось главе правительства республики Гиви Джавахишвили, который, по воспоминаниям присутствовавших, явно чувствовал себя не в своей тарелке.
Не обошлось без «духовной составляющей». Бывшая узница ГУЛАГа, старая большевичка Дора Лазуркина потребовала убрать тело Сталина из Мавзолея, сославшись на явившийся ей «как если бы он был живым» дух Владимира Ильича, который пожаловался, что ему претит лежать рядом с Иосифом Виссарионовичем.
В этот же день съезд единогласно постановил, что «серьёзные нарушения Сталиным ленинских заветов, злоупотребления властью, массовые репрессии против честных советских людей и другие действия в период культа личности делают невозможным оставление гроба с его телом в Мавзолее В. И. Ленина». Решением Президиума ЦК КПСС была создана комиссия во главе с Николаем Шверником, председателем Комитета партийного контроля.
Под предлогом репетиции военного парада 7 ноября Красную площадь оцепили. 31 октября в 18 часов все проходы на неё были перекрыты. Правую и левую стороны за Мавзолеем закрыли фанерой, чтобы место работ ниоткуда не просматривалось. Была изготовлена широкая белая лента с надписью «ЛЕНИН», которой закрыли на Мавзолее надпись «ЛЕНИН СТАЛИН».
Все члены комиссии, кроме Мжаванадзе, к 21 часу прибыли в Мавзолей. Восемь офицеров взяли саркофаг и понесли его вниз, в подвал, где размещается лаборатория. Кроме членов комиссии здесь же находились научные сотрудники, которые до этого наблюдали за состоянием забальзамированного тела Сталина. С саркофага сняли стекло, и офицеры переложили тело Сталина в деревянный гроб, изготовленный за сутки в полковой мастерской.
Шверник приказал снять с мундира Золотую Звезду Героя Социалистического Труда (другой награды, Звезды Героя Советского Союза, в саркофаге не было). Председатель комиссии распорядился заменить золотые пуговицы мундира на латунные. Снятая награда и пуговицы были переданы в специальную Охранную комнату, где находились награды всех погребённых у Кремлёвской стены.
Когда гроб с телом Сталина накрывали крышкой, Шверник и Джавахишвили зарыдали. В обитую фанерой могилу офицеры опустили гроб. Никаких церемоний и речей не было, только кто-то бросил горсть земли, как полагается по христианскому обычаю. Могилу зарыли. Сверху положили плиту из белого мрамора с надписью: «Сталин Иосиф Виссарионович 1879−1953» (в 1970 году на могиле был установлен бюст работы Николая Томского).
В ночной операции участвовало около 30 человек. Ни дочери Сталина Светланы, ни сына Василия, проживавшего в Казани без права посещать Москву, на перезахоронении не было. Всё заняло не больше часа…