«Хрустальную ночь» ещё называют «Ночью разбитых витрин». В результате скоординированных нападений штурмовиков СА улицы немецких городов были покрыты осколками витрин и окон зданий, синагог и магазинов, принадлежавших евреям.
Поводом для погромов стала смерть в Париже 3-го секретаря посольства Германии Эрнста фом Рата. Ещё в феврале 1938 года Гитлер приказал начальнику СД Гейдриху подготовить покушение еврея на немецкого дипломата. 7 ноября 1938 года польский еврей Гершель Гриншпан явился в германское посольство, не нашёл там посла и пять раз выстрелил в знакомого ему Эрнста фом Рата. Ни одна из ран не была опасна для жизни, однако прибывший из Берлина личный врач Гитлера Карл Брандт провёл фом Рату переливание несовместимой крови, после чего 9 ноября тот скончался.
Сразу после покушения Геббельс назвал его нападением международного еврейства на Германию и фюрера. Была немедленно организована мощная пропагандистская кампания. Ещё 7 ноября вышел экстренный выпуск газеты «Volkischer Beobachter», в котором содержались такие строки: «Германский народ… не будет терпеть невыносимую ситуацию. Сотни тысяч евреев контролируют целые секторы в немецкой экономике, радуются в своих синагогах, в то время как их соплеменники в других государствах призывают к войне против Германии и убивают наших дипломатов».
9 ноября Геббельс, выступавший на торжествах по поводу годовщины «пивного путча», заявил следующее: «Национал-социалистическая партия не унизится до организации выступлений против евреев. Но если на врагов рейха обрушится волна народного негодования, то ни полиция, ни армия не будут вмешиваться».
Погромы начались в разных частях рейха поздним вечером 9-го и ранним утром 10 ноября. Полиция арестовала ровно столько евреев, сколько могли вместить местные тюрьмы. Главным образом интерес вызывали молодые здоровые мужчины. В Берлине погромщики в гражданской одежде сожгли 9 из 12 синагог, при этом пожарные не вмешивались.
По меньшей мере 91 еврей был убит в результате нападений. Согласно другим источникам, число погибших варьируется от 400 до 2,5 тысячи. Ещё 30 тысяч арестованы и заключены в три концлагеря, включая Бухенвальд. Еврейские дома, больницы и школы были разграблены, нападающие разрушали здания кувалдами. 267 синагог были сожжены или разгромлены, а более семи тысяч принадлежавших евреям зданий и магазинов разрушены или повреждены. Общий ущерб составил 25 миллионов рейхсмарок, из которых около пяти миллионов пришлись на разбитые витрины. Затраты на восстановление ущерба и разбор остатков разрушенных синагог были возложены нацистскими властями на еврейские общины.
11 ноября фюрер приказал прекратить погромы.
Советские газеты сообщали о прошедших по всему миру протестах против Хрустальной ночи, в том числе о собрании 15 ноября в Большом зале Московской консерватории, которое осудило антисемитские эксцессы от имени «советской интеллигенции». В память о Хрустальной ночи 9 ноября ежегодно отмечается Международный день против фашизма, расизма и антисемитизма.