Официальная история стройотрядов начинается с 1959 года, однако о том, чтобы привлекать студентов к общественно полезной работе, советские власти задумались намного раньше. Так, например, ещё в 1924 году Наркомат труда и просвещения разработал специальную инструкцию, согласно которой студенты должны были проходить летнюю практику. Чаще всего их отправляли либо на промышленные предприятия, либо на помощь крестьянам. Согласно документам тех лет, студенты МГТУ им. Баумана участвовали в строительстве Волховской ГЭС, студенты МХТИ работали в Коломенском уезде, а в Архангельской области студенты занимались лесозаготовками.
Особая необходимость в использовании студенческой рабочей силы возникла уже после Великой Отечественной войны: молодежь восстанавливала разрушенные города — такие, например, как Ленинград или Сталинград. Однако в то время движения стройотрядов ещё так и не оформилось: несмотря на то, что студенты активно участвовали в работе тех или иных предприятий, особой организации, которая бы курировала их деятельность, пока не появилось.
В 1959 году студенты из МГУ — всего их было чуть более 300 человек — показали, поехав в Казахстан, рекордные результаты: они успели за лето построить 12 жилых домов, телятник, крольчатник и птичник. По достоинствам оценив перспективу привлечения студентов к освоению целины, советские власти через газету «Комсомольская правда» призвали вузы создавать собственные студенческие отряды. Таким образом середина 60-х годов XX века стала эрой расцвета студенческих строительных отрядов: со всей страны — а добровольцев нашлось к тому времени уже более ста тысяч человек — они съезжаются для того, чтобы построить железную дорогу Абакан-Тайшет и устраняют последствия землетрясения в Ташкенте. 1966 год становится знаковым для всего движения: активистов студенческих стройотрядов собирают в Кремлевском дворце на съезде, чтобы поблагодарить за проделанную работу. Тогда же приняли устав и создали штаб организации: с того времени у членов студотряда появилась своя специальная униформа.
Чаще всего приезжающих на работу студентов размещали в бараках или пионерлагерях. За неимением ни того, ни другого универсанты сами ставили палатки и жили в них. Зачастую за свою работу члены стройотрядов получали деньги. БАМ, нефтяные месторождения, строительство Саяно-Шушенской ГЭС, газопроводы, железные дороги, объекты, необходимые для проведения Олимпиады-80, — везде были задействованы студенты. К 1980 году в рядах студенческих отрядов насчитывалось более 800 тысяч человек: к тому моменту молодежь привлекали не только к строительству, но и к другим сферам — будь то обслуживание речных портов или мелиорация земель.
В сентябре 1991 года ВЛКСМ самораспустился, вместе с ним фактически перестала существовать и разветвленная сеть студенческих стройотрядов — Центральный штаб прекратил свою деятельность. В гордом одиночестве остался существовать только Свердловский областной студенческий отряд, который продолжал посылать студентов на работу и дальше.
Между тем, в начале XXI века уже российские власти предприняли попытку возобновить работу студенческих отрядов: в частности, для этого в 2004 году создали общественное движение «Российские студенческие отряды». Администрации ряда городов заставили поддерживать работу стройотрядов. На сегодняшний день, по официальной информации, в России действует несколько тысяч стройотрядов, в них состоит порядка 230 тысяч человек.