«Вовчики» и «Юрчики»
Противоборствующие силы в республике представляли две группы: в народе их разделили на «Вовчиков"и «Юрчиков». Ваххабитов называли «вовчиками», а сторонников старой власти — «юрчиками». Бывшие силовики и спецназ ГРУ фактически стали главной силой Народного фронта. Юрчиками их назвали неслучайно — в честь Юрия Андропова, шефа КГБ.
28 июня 1992 года начались боестолкновения между силами исламистов и старой советской элиты. Из-за обострения ситуации на юге правительство приняло постановление от 1 июля об охране особо важных объектов в республике. Правительство обратилось за помощью к Москве, где был дан приказ командованию 201-й мотострелковой дивизии оказать содействие официальным властям в Душанбе.
Российские военные взяли под контроль Нурекскую ГЭС, Яванский электромеханический комбинат, Вахшский азотно-туковый завод, а также объекты военного значения, часть автодорог на горных перевалах у границы Кулябской и Курган-Тюбинской областей.
На юге участились попытки перехода таджико-афганской границы с целью покупки оружия и привлечения новых сил. Усилился наркотрафик и появились афганские инструкторы, которые ещё совсем недавно вели бои с советской армией на своей территории.
С мая 1992 года и до начала 1993-го пограничники задержали более 1000 нарушителей, прежде всего, афганских, у которых было изъято примерно 500 единиц стрелкового оружия
26−27 июля 1992 года состоялись переговоры официальных властей и оппозиционных партий. На этой встрече были оговорены условия для примирения двух сторон. 28 июля с 10 утра объявлялось прекращение огня на территории республики. Перемирие предполагало освобождение заложников, снятие вооружённых постов с шоссейных дорог, освобождение занятых зданий и объектов, расформирование вооруженных групп, добровольная сдача оружия. Но механизма исполнения этих требований не было. Лидеры кулябцев и исламистов требовали ухода правительства в отставку и вывода всех иностранных военных формирований взамен на разоружение их отрядов.
Новое возгорание
27 июля боевые действия возобновились в Куйбышевском районе Курган-Тюбинской области. Началась дискредитация в прессе частей 201-й мотострелковой дивизии ВС РФ. Кулябские власти рапортовали о 132 тысячах беженцев только за июнь-июль 1992 года.
24 августа исламистами был убит генеральный прокурор Таджикистана Нурулла Хувайдуллоев. Это возмутило кулябцев, которые резко раскритиковали правительство национального примирения.
31 августа беженцы из Курган-Тюбе и члены организации «Молодёжь города Душанбе» взяли штурмом резиденцию президента Таджикистана из-за его отказа вести переговоры.
2 сентября кабинет министров подписал заявление с требованием отставки президента Набиева, который уже утратил доверие своих сторонников из Ленинабадской области.
В Курган-Тюбе начались столкновение между сторонниками президента и вооружёнными отрядами исламистов. При поддержке бронетехники исламисты взяли все стратегические точки в городе под свой контроль. В городе, а также в посёлке Ургут, где проживали узбеки из окраин Самарканда, началось кровопролитие. Многие жители бежали под защиту 191-го мотострелкового полка ВС РФ, который находился в посёлке имени Ломоносова. Лидер Демократической партии Таджикистана Юсуф 3 сентября впервые открыто заявил, что деятельность исламистов не поддерживает. 7 сентября беженцы были вывезены в Куляб из посёлка имени Ломоносова. В то время в Курган-Тюбе исламисты провели призыв в «полк национальной самообороны» размером в 1380 бойцов. Инфраструктура Вахшской долины была почти полностью разрушена, каждое столкновение приводило всё к новым жертвам. Появилась информация, что в рядах исламистов воюют наёмники из других республик СНГ и афганцы с арабскими инструкторами. За голову командира 201-й МСД генерала Ашурова объявили награду в 5 млн рублей.
7 сентября 1992 года президент Набиев тайно выехал в аэропорт, чтобы улететь в Ходжент. Но там главу государства опознали, его блокировала толпа. К аэропорту выдвинулись 4 танка, 1 БТР и 1 БМП из состава 201-й дивизии, а также 4 БТР МВД Таджикистана. К началу вечера, после встречи с членами Президиума Верховного Совета, Набиев подписал заявление об отставке.
Эти события стали апогеем политических успехов оппозиции. Но экстремистские настроения руководства Демократической Партии Таджикистана оттолкнули множество сторонников. Движение «Растохез» также сошло на нет, а Исламская партия возрождения начала набирать обороты. В сентябре из приграничных районов начали поступать подкрепления из Узбекистана, Казахстана и России.
15 сентября в Курган-Тюбе собралось около 16 тыс. беженцев. Война постепенно выходила из политической плоскости: участились случаи кровной мести с обеих сторон, на поле боя чаще мелькали наёмники, а также уголовники из тюрем Куляба и Курган-Тюбе. 25 сентября 1992 года исламисты устроили резню в посёлке имени Ломоносова после того, как оттуда были вытеснены офицеры 191-го мотострелкового полка. В конце месяца уже и столица погрузилась в уголовный беспредел, массово грабились военные склады, угонялись автомобили.
К октябрю 1992 года в общей сложности обе стороны конфликта потеряли 15−20 тысяч убитыми и несколько десятков тысяч раненых. Из страны уехало 90 тысяч русскоязычных жителей.