Нововведение прижилось: французский наёмник на русской службе капитан Маржерет свидетельствовал: «Аптекарский приказ был придворным учреждением и обслуживал царскую семью и близкий к ней круг боярской знати. Ведущим медиком Аптекарского приказа был венгр Кристофер Рихтингер.
Врачи Аптекарского приказа получали поместье с 30−40 крепостными крестьянами… Из дворца медикам ежемесячно отпускали натуральное обеспечение: четыре бочки мёда, четыре бочки пива, 60 возов дров, 150 рублей на свежие продукты». Сегодняшние доктора могут только мечтать о подобном содержании!
Развитию медицины способствовала забота о войске: Аптекарским приказом не случайно руководил тот же боярин, что и Стрелецким. Врачи для армейских нужд «воспроизводились» ремесленным способом — у каждого медика было несколько учеников. Позже, при Алексее Михайловиче, в середине XVII века при приказе создаётся Лекарская школа. Ученики после 5−6 лет обучения проходили практику в полку и становились самостоятельными лекарями. Кроме того, приказ руководил и заготовкой лекарственных трав. Наиболее редкие в наших широтах растения выращивались на специальных «аптекарских огородах», которых в Москве было несколько, в частности, на берегу Неглинки у стен Кремля и в Измайлове. Самый известный, доживший до наших дней, был заложен уже Петром I за Сухаревой башней.
Штаты приказа быстро росли: как пишет современный историк медицины, «если в 1631 г. в нём служили два доктора, пять лекарей, один аптекарь, один окулист, два толмача (переводчика) и один подьячий… то в 1681 г. в Аптекарском приказе служило 80 человек, среди них 6 докторов, 4 аптекаря, 3 алхимиста, 10 лекарей-иноземцев, 21 русский лекарь, 38 учеников лекарского и костоправного дела. Кроме того, было 12 подьячих, огородников, толмачей и хозяйственных рабочих». Возглавлял всё это «беспокойное хозяйство» боярин Аптекарского приказа.
Регламент строго предписывал ему следить за медиками, «у всех ли у них меж себя совет и любовь и нет ли меж их какова несогласия». Причина для особого контроля очевидна — эти люди имели доступ к великому князю и его семье и ближайшему окружению, так что глаз да глаз! Особое «слежение» положено было иметь за составлением лекарств. Материалы находились «особо в казенке за дьячьею печатью, и без дьяка в тое казенку нихто не ходить, да и лекарство то в той казенке… стоит в скляницах и в ящиках за печатями ж, а входят де в тое казенку времянем только имать по рецептам лекарства з дьяком». Поданное царю лекарство «надкушивалось» специальными людьми. Судя по всему, система хорошо работала, так как ни отравленных царей, ни казнённых лекарей мы в XVII веке не наблюдаем.
Учреждения Аптечного приказа выполняли ещё одну немаловажную функцию: они были своеобразной витриной, обращённой «на Запад». Ведь ещё до Петра его отец придавал немаловажное значение «европейскости». Поэтому служившие здесь европейцы должны были, помимо прочего, своим примером демонстрировать «великое жалованье к докторам и к лекарям и к ученым людям». Ради этого не скупились не только на гонорары, но и на обстановку: например, в 1676 году были посланы в Аптекарский приказ «из Посольского приказу кресла костяные да стулец, покрыт бархатом красным». В том же году «взяты с Казенного двора в Аптекарский приказ часы столовые цена пятьдесят рублев, два зеркала хрустальных по пяти рублев зеркало».