У Томаса Мюнцера и одного из главных деятелей Реформации — Мартина Лютера — было много общего: они в одно время увлеклись примерно одинаковыми идеями, приятельствовали, а Лютер даже как-то помог Мюнцеру устроиться проповедником в Саксонии. Впрочем, дороги двух великолепных ораторов разошлись: Мюнцера вынудили покинуть церковь сразу же, как только услышали в его речах призывы к революционному восстанию крестьян, которое позже стали называть «народной Реформацией». В итоге Лютер величал Мюнцера не иначе, как «альштадтский сатана», в ответ на что Мюнцер называл Лютера «стыдливой вавилонской блудницей» и «братцем боровом».
Не случайно Мюнцера считали одним из самых радикальных проповедников: в своих публичных речах немец буквально тренировался в острословии — то сравнивал попов с обезьянами, то утверждал, что служители церкви просто пользуются заученными мертвыми словами из Библии. В общем, нетрудно догадаться, что место работы Мюнцеру приходилось менять часто: его выгнали из городска Цвиккау, когда после его речей там начались беспорядки, потом вынудили покинуть Прагу, где он издал так называемый «Пражский манифест», в котором обещал, что «в скором времени власть на веки вечные перейдёт к народу».
В 1523 году Мюнцер получил место священника в городке Альтштадт. Он одним из первых стал читать проповеди на немецком языке. Чтобы послушать их, люди съезжались со всех окрестных городов, при этом дворяне наказывали своих подданных тюрьмой за посещение мюнцеровских проповедей. Совсем немного времени потребовалось Мюнцеру на то, чтобы вместе с крестьянами перейти к реальным действиям: так, например, после одной из проповедей народ, вооружившись чем попало, двинулся в соседний с Альтштадтом город Моллербах и сжёг там часовню.
В это же время Мюнцер выступил уже как публицист: в своей типографии он напечатал прокламации, направленные не только против католической церкви, но, в частности, и против бывшего соратника Мартина Лютера. Параллельно Мюнцер организовал в городке тайный союз под лозунгом «всё общее»: численность его, по оценкам исследователей, могла достигать 500 человек.
С течением времени проповеди Мюнцера становились всё более пылкими: так, в одной из них он убеждал людей в том, что «князей надо убивать, как собак». Городские власти пытались было как-то урезонить богослова, однако он отказывался идти на любые уступки: типографию не закрывал, союз распускать также не стал, а от лекции к лекции все больше настраивал крестьян против дворян. Его уже хотели было схватить, однако Мюнцер увильнул и появился уже в другом немецком городе — Мюльхаузене. Ему потребовалось лишь несколько месяцев, чтобы поднять людей на вооруженное восстание. Всё католическое духовенство бежало из города, те же, кто попадали в руки бунтовщиков, нередко бывали избиты.
Мюнцер пытался взять под контроль малоуправляемую толпу, которая нападала на близлежащие замки и поджигали церкви. В итоге бунт перетёк в настоящую крестьянскую войну. «Пусть ваш меч не остывает от крови», — писал в то время своим соратникам Мюнцер. Впрочем, не все разделяли его мнение: в частности, Лютер называл восставших «душегубствующими шайками». Некоторые князья в растерянности даже присоединились к восставшим, однако большинство дворян стали собирать силы, чтобы дать отпор неприятелю.
Решающее сражение состоялось в конце мая 1525 года: войско под командованием князя Франкенхаузена встретилось с армией крестьян, которыми командовал Мюнцер. По большому счету исход битвы был предрешён — несмотря на то, что обе армии были сопоставимы по численности, повстанцы Мюнцера не имели практически никакого вооружения и начали разбегаться после звука первых выстрелов. Тысячи восставших погибли, сам Мюнцер пытался бежать, но был схвачен. Его держали в графском замке и подвергли мучительным пыткам. В итоге перед самой казнью — возможно, вынужденно — Мюнцер призвал горожан избегать кровопролития. Проповеднику отрубили голову и выставили её на всеобщее обозрение. Впрочем, исследователи его биографии отмечают: перед смертью Мюнцер причастился по католическому обычаю.