Соединённые Штаты располагают правом использования 37 квадратных километров водной поверхности залива Гуантанамо. Ранее на этой территории располагалась испанская военно-морская база.
В 1903 году на этой арендованной кубинской территории началось строительство американской военно-морской базы.
Нынешний статус базы регламентируется договором от 1934 года, заключённым после ряда государственных переворотов на Кубе в начале 1930-х годов. В результате плата за использование базы была поднята до $3400. Эти средства выплачивались Кубе, пока в результате народного восстания проамериканский режим диктатора Фульхенсио Батисты не был свергнут. Стоит отметить, что за подобные базы на Тайване и Филиппинах в 1950—1970-е годы, США платили соответственно 120 и 140 млн долл. в год.
После победы революции 1959 года кубинское государство отказалось с 1961-го принимать от США смехотворную плату за аренду этой базы, потребовав ее ликвидации или, в противном случае, увеличения арендной платы в 50 раз. В том же году Гавана односторонне вышла из американо-кубинского соглашения 1934 года, подтверждающего условия аренды. Но США вообще отказались от переговоров с Гаваной по этим вопросам, наращивая своё военное присутствие в Гуантанамо.
Обострившиеся американо-кубинские отношения едва не привели мир к ядерной войне. После разрешения Карибского кризиса (1962 г.) США пообещали Москве, что с территории военно-морской базы Гуантанамо не будут осуществляться вылазки кубинских эмигрантов-противников Кастро. А в ответ Москва пообещала удерживать Гавану от действий против Гуантанамо.
Не в последнюю очередь позиция СССР по этому вопросу повлияла на то, что американская база до сих пор незаконно пребывает на территории Кубы. По очень многим взаимосвязанным причинам Соединённые Штаты не только продолжают оккупировать часть кубинской суверенной территории, но и использовать её для контроля весьма обширного региона — в частности Панамы, Гренады и Гаити.
Фактически США осуществляют свой государственный суверенитет на данной территории безусловно и в полном объёме, а юрисдикция Кубы носит чисто формальный характер, что признано Верховным судом США. «С практической точки зрения Гуантанамо — это не заграница», постановили судьи.
По своей площади База ВМФ Гуантанамо является крупнейшей американской военной базой на иностранной территории. На ней расположены две взлётно-посадочные полосы, способные принимать все типы летательных аппаратов.
На суше находится свыше 1500 служебных и жилых объектов, механизированный порт, судоремонтные мастерские, имеется плавучий док, склады продовольствия, боеприпасов, горюче-смазочных материалов.
Здесь в комфортных условиях может разместиться до 10 тысяч человек военного персонала. Базу регулярно посещают крупные боевые корабли ВМС США.
Для обеспечения нормальных условий проживания постоянного контингента база располагает развитой гражданской инфраструктурой, включающей увеселительные клубы, теннисные корты, бейсбольные площадки, плавательные бассейны, пляжи, ипподром, рыболовные суда и яхты.
В январе 2002 года на базу Гуантанамо были доставлены из Афганистана первые 20 человек, обвиняемых «в участии в боевых действиях на стороне исламских экстремистов» — талибов. Это стало началом бурного скандала.
С 2002 года из лагеря временного содержания на открытом воздухе тюрьма превратилась в полноценное пенитенциарное учреждение, через которое прошли 779 человек из 42 стран в возрасте от 15 до 62 лет. В настоящее время в Гуантанамо содержатся в заключении около 160 человек.
Так как территория базы не входит ни в один из американских судебных округов, содержащиеся там лица находятся вне зоны американской юрисдикции. В соответствии с указом президента США Джорджа Буша от ноября 2001 года «О юридическом статусе пленных, захваченных в Афганистане» их считают не «арестованными» и не военнопленными, на которых распространяются определенные нормы международного права, а «задержанными», которым официально не предъявлены обвинения.
На практике это означает, что они могут содержаться в тюрьме бессрочно. Многие заключенные утверждали, что к ним применялись такие запрещенные методы дознания как лишение сна, воздействие экстремальных температур, громкая музыка, имитации утопления. По мнению правозащитников, содержание заключенных в таких условиях является нарушением принятой в 1984 году Конвенции ООН против пыток и других жестоких, бесчеловечных или унижающих достоинство видов обращения и наказания.
На второй день после вступления в должность 21 января 2009 года, выполняя предвыборные обещания, президент США Барак Обама подписал приказ о расформировании тюрьмы. Однако до сих пор тюрьма не закрыта.