Общеизвестно, что опричнина стала следствием разногласий между царем Иваном IV и его неформальным правительством — Избранной радой. В XIX веке русский историк Николай Костомаров видел подоплёку конфликта в отрицательных особенностях характера Ивана Грозного, а деятельность Избранной рады, напротив, оценивал высоко. По другому мнению, знать легко бы простила Грозному отставку его советников Адашева и Сильвестра, но она не желала мириться с покушением на прерогативы боярской Думы. Более оригинальным взглядом является мнение о том, что источники опричнины уходят во времена правления Ивана III, когда Запад развязал идеологическую войну против России, забросив на русскую почву семена опаснейшей ереси, подрывающей основы православной веры, Апостольской Церкви и, стало быть, зарождающегося самодержавия.
Последующие события развивались стремительно и как будто по хорошо выстроенному сценарию. 3 декабря 1564 года Иван Грозный с семьёй внезапно выехал из столицы на богомолье. С собой царь взял казну, личную библиотеку, иконы и символы власти. Посетив село Коломенское, он не стал возвращаться в Москву и, проскитавшись несколько недель, остановился в Александровской слободе. 3 января он объявил о своём отречении от престола в пользу старшего сына юного царевича Ивана Ивановича по причине «гнева» на бояр, церковных, воеводских и приказных людей.
После прочтения послания царя в Москве обострилась антибоярская обстановка — в Кремль пришли тысячи москвичей, разъярённых изменами бояр, и Боярской Думе ничего не оставалось, как просить Ивана возвратиться на царство. Через два дня в Александровскую слободу прибыла депутация во главе с архиепископом Пименом, которая уговорила царя вернуться на царство. 5 января 1565 года государь Иван IV принимает решение учредить опричнину.
К посвящению в сан митрополита Филиппа в 1566 году была подготовлена и подписана грамота, согласно которой Филипп обещал «в опричнину и царский обиход не вступаться и, по поставлении, из-за опричнины… митрополии не оставлять», но Филипп отказался благословить царя и потребовал отменить опричнину. В ответ опричники насмерть забили железными палками слуг митрополита, затем против самого него был возбуждён процесс в церковном суде. Филипп был лишен сана и сослан в монастырь.
Будучи опричным «игуменом», царь исполнял ряд монашеских обязанностей. Так, в полночь все вставали на полунощницу, в четыре утра — к заутрене, в восемь начиналась обедня. Царь показывал пример благочестия: сам звонил к заутрене, пел на клиросе, усердно молился, а во время общей трапезы читал вслух Священное Писание. В целом, богослужение занимало около 9 часов в день. При этом есть свидетельства, что приказы о казнях и пытках отдавались нередко в церкви.
В декабре 1569 года, подозревая новгородскую знать в соучастии в «заговоре» недавно совершившего самоубийство по его приказу князя Владимира Андреевича Старицкого и одновременно в намерении перейти на сторону польского короля, Иван в сопровождении большого войска опричников выступил против Новгорода.
Несмотря на новгородские летописи, «Синодик опальных», составленный около 1583 года, со ссылкой на отчёт («сказку») Малюты Скуратова, говорит о 1505 казнённых под контролем Скуратова. Советский историк Скрынников, прибавив к этому числу всех поимённо названных новгородцев, получил оценку в 2170—2180 казнённых; оговариваясь, что донесения могли быть не полны, многие действовали «независимо от распоряжений Скуратова», Скрынников допускает цифру в три-четыре тысячи человек. Из Новгорода Грозный отправился к Пскову. Первоначально ему готовилась та же участь, но царь ограничился только казнью нескольких псковичей и конфискацией их имущества.
В следующую волну репрессий попали самые приближённые к царю люди, руководители опричнины. Были обвинены в измене любимцы царя, опричники Басмановы — отец с сыном, князь Афанасий Вяземский, а также несколько видных руководителей земщины — печатник Иван Висковатый, казначей Фуников и др. Вместе с ними в конце июля 1570 г. было казнено в Москве до 200 человек: думный дьяк читал имена осуждённых, палачи-опричники кололи, рубили, вешали, обливали осуждённых кипятком. Как рассказывали, царь лично принимал участие в казнях, а толпы опричников стояли кругом и приветствовали казни криками «гойда, гойда». Преследованию подвергались жёны, дети казнённых, даже их домочадцы; имение их отбиралось на государя.
Началом конца опричного террора стало нашествие крымского хана Девлет-Гирея на Москву в 1571 году. Опричное войско продемонстрировало полную недееспособность: привыкшие к грабежам мирного населения опричники просто не явились на войну, так что их набралось только на один полк (против пяти земских полков), после чего царь принял решение отменить опричнину.
В 1575 году Иван поставил во главе земщины крещёного татарского царевича Симеона Бекбулатовича, бывшего раньше касимовским царевичем, венчал его царским венцом, сам ездил к нему на поклон, величал его «великим князем всея Руси», а себя — государем князем московским. Этому предшествовал новый всплеск казней, когда был разгромлен тот круг приближённых, который установился после уничтожения опричной верхушки. После развода с очередной женой (Анной Васильчиковой) Иван Грозный отправил на плаху ряд представителей своего ближнего двора: Отрёкшись от престола, Иван Васильевич взял себе «удел» и образовал свою «удельную» думу, в которой теперь заправляли бояре Нагие, Годуновы и Бельские. Расправы с членами прежней думы продолжились, причем отрубленные головы «изменников» были брошены на дворы митрополита Антония и некоторых именитых бояр в качестве зловещего предупреждения.
Споря о последствиях и событиях опричнины, большинство придерживаются мнения, что эта политика была проявлением болезненного помешательства царя и его тиранических наклонностей. Некоторые считают, что опричнина нанесла ощутимый удар по оппозиционной аристократии, и тем самым укрепила русскую государственность в целом.
Установочную официальную советскую точку зрения выразил Сталин на встрече с кинематографистами по поводу 2-й серии фильма Эйзенштейна «Иван Грозный» (как известно, запрещённой): «(Эйзенштейн) изобразил опричников как последних паршивцев, дегенератов, что-то вроде американского ку-клукс-клана… Войска опричнины были прогрессивными войсками, на которые опирался Иван Грозный, чтобы собрать Россию в одно централизованное государство против феодальных князей, которые хотели раздробить и ослабить его».
Последнее время историки сходятся во мнении, что хотя опричнина объективно разрешала (пусть и варварскими методами) некоторые насущные задачи, прежде всего усиление централизации, уничтожение остатков удельной системы и самостоятельности церкви — она была орудием установления личной деспотической власти Ивана Грозного. Можно вспомнить мрачноватый каламбур в повествовании главного «заклятого друга» царя — Курбского: опричников князь называл кромешниками; в аду же, как считалось, господствовала «тьма кромешная». Так, опричники стали у Курбского адовым воинством.