Осенью 1901 года в руки писателю Сергею Нилусу попала рукопись на французском языке — протоколы 24 секретных заседаний руководителей не то тайной масонской ложи, не то съезда «Всемирного еврейского союза». Нилус собирался опубликовать эти документы, но его опередили. 10 сентября 1903 года журналист Павел Крушеван напечатал документ в санкт-петербургской газете «Знамя», а затем Георгий Бутми издал текст «Протоколов» отдельной книгой под заглавием «Корень наших бед».
С 1905 по 1907 год вышло шесть петербургских изданий Бутми под названием «Обличительные речи. Враги рода человеческого», в Казани — одно издание в 1907 году под названием «Выдержки из древних и современных протоколов сионских мудрецов». Были и анонимные издания.
Русский текст «Протоколов» под редакцией Нилуса появился в 1905 году как приложение к его книге «Великое в малом, или антихрист как близкая политическая возможность» и произвел сильное впечатление на российское общество. В результате Первой революции многие люди искренне были склонны искать корни проблем в мировом сионистском заговоре. Особенно учитывая значительную еврейскую прослойку в среде революционеров. В 1911 году и в 1917 году Нилус дважды перепечатал «Протоколы» в типографии Троице-Сергиева монастыря.
В 1906 году «Протоколы» дошли до царя, который отнесся к ним с доверием. Председатель Совета министров Петр Столыпин назначил комиссию по расследованию дела о происхождении этого «прожекта». Комиссия провела кропотливую работу и сделала вывод, что фальсифицированные «Протоколы» впервые появились в Париже в антисемитских кругах на французском языке в 1897 — 1898 годах.
Столыпин поехал с докладом о фальшивке к царю и сообщил ему, что намерен официально запретить распространение «Протоколов» в России. Николай II доклад одобрил. «Протоколы» были запрещены и больше не могли открыто публиковаться. Однако не все в обществе согласились с версией о подделке, но дело заглохло, и большого распространения «Протоколы» в Российской империи не получили.
Вывезенная из страны русскими эмигрантами оставшаяся часть экземпляров книг Сергея Нилуса «Близ есть при дверех. О том, чему не желают верить и что так близко» начала распространяться по Европе и Америке. С 1919 года текст «Протоколов» стал переводиться на многие иностранные языки.
О подлинности и авторстве «Протоколов сионских мудрецов» существует несколько мнений. Ученые Владимир Бурцев, Норман Кон, Яков Юделевский и их последователи заверяют, что авторами сборника текстов были сотрудники шефа русской тайной полиции Петра Рачковского — Матвей Головинский и Иван Манасевич-Мануйлов. Последние якобы сфабриковали «Протоколы» в Парижской национальной библиотеке по образцу малоизвестного памфлета середины XIX века «Диалог в аду между Монтескье и Макиавелли», направленного против Наполеона III. Автором памфлета был французский адвокат и сатирик Морис Жоли.
По другой версии, «Протоколы сионских мудрецов» являются подлинным документом. Он находится в ряду подобных же тайных документов XIX века, вышедших из среды еврейских и масонских организаций.
В середине 1930-х годов в Берне состоялось несколько судебных процессов, на которых рассматривалось нарушение швейцарских законов в результате распространения подобной литературы. В 1990-е годы произведения Сергея Нилуса, в том числе и книга «Великое в малом…», стали вновь публиковаться в России.
В 2006 году члены Общественной палаты и правозащитники выступили за внесение в законодательство поправок, предполагающих создание списка запрещенной к распространению в России экстремистской литературы. Среди таких книг адвокат Генри Резник назвал «Протоколы сионских мудрецов», «Майн кампф» и другие.