Прямым предком Патрикеевых и нескольких других русских княжеских родов был знаменитый литовский князь Гедимин, основатель династии, названной его именем. Он до сих пор считается в Литве национальным героем за то, что сумел объединить страну и основал новую столицу — Вильну. Кроме того, Гедимину удалось одержать ряд громких побед над западными русскими княжествами и захватить множество городов, включая Полоцк, Минск и Туров. После этого он стал называть себя «королём литовцев и русских», имея на это некоторые основания, — после череды завоеваний число русских жителей страны оказалось никак не меньше литовцев.
Внезапная смерть Гедимина в 1341 году, как это часто бывает, привела к раздору среди его детей, которые начали бороться за престол. Второй сын князя Наримунт вступил в конфликт со своим братом Ольгердом — некоторые историки считают, что тот узурпировал трон, который должен был достаться их младшему брату Евнуту. Наримунт объединился с законным наследником и уехал в Золотую Орду, рассчитывая получить там помощь. Этим надеждам не суждено было сбыться: более того, просителя взяли в плен, из которого его выкупил московский князь Иван Калита. После этого Наримунт принял крещение, в котором получил имя Глеб.
Впрочем, ключевой фигурой для рода Патрикеевых стал не Гедимин и не Наримунт, а представитель следующего поколения, князь Патрикей Наримунтович. Как нетрудно догадаться, именно от его имени (которое восходит к греческому «патриций», то есть аристократ) была образована эта фамилия. От него же получила своё отчество героиня русских народных сказок Лиса Патрикеевна, что даёт нам представление о специфической репутации князя.
Изворотливости ему действительно было не занимать: сначала Патрикея пригласили править в нескольких городах Новгородской республики, но вскоре он рассорился со своими подданными и лишился части наделов. Это не помешало ему и дальше властвовать на этих землях и умело играть на противоречиях знати. Лишь спустя 20 с лишним лет новгородцы вздохнули с облегчением: в 1408 году Патрикей отбыл в Москву, где поступил на службу к великому князю Василию, сыну Дмитрия Донского.
Переезд был масштабный — Патрикей привёз с собой всю свою свиту: родственников, дружину и челядь. Благодаря своему происхождению он сразу занял хорошее положение при дворе, а позднее стал вовсе считаться первым из московских бояр. Помимо самих Патрикеевых, от потомков хитроумного вельможи пошло несколько других русских княжеских родов, включая Булгаковых, Голицыных, Куракиных и Хованских.
Сын князя Патрикея Юрий лишь упрочил позицию семьи, породнившись с московской знатью. По одной из версий, он женился на дочери князя Василия, по другой, его супругой стала дочь Дмитрия Донского. Близость потомка Гедимина к Василию подтверждается и тем, что Юрий Патрикеевич был свидетелем при составлении завещания своего патрона в 1425 году. Он продолжил службу при наследнике великого князя московского Василии II Тёмном, выполняя различные его поручения — начиная с руководства войсками в походах и заканчивая сбором специальных налогов в Новгороде.
Один из отпрысков Юрия Патрикеевича Иван пошёл по стопам отца и начал служить Василию II, а затем и его сыну Ивану III. Иван Юрьевич Патрикеев был главным воеводой московских князей, под его руководством состоялся не один успешный военный поход. Он громил татар, новгородцев и тверичан, а в беспокойное время нашествия ордынского хана Ахмата в 1480 году даже был оставлен руководить Москвой в качестве наместника. Впрочем, он не занимался одним лишь военным ремеслом: сохранились сведения об участии Ивана Юрьевича в переговорах с Великим княжеством Литовским (чему наверняка способствовало происхождение Патрикеева). Кроме того, князь, вероятно, был одним из ключевых авторов Судебника 1497 года. Вдобавок к этому он возглавлял Боярскую думу.
В начале 1499 года Иван Юрьевич угодил в опалу, которая едва не обернулась для него казнью. О причинах гнева государя, с которым Патрикеев ещё недавно был так близок, нам остаётся только догадываться — в источниках такой информации нет. Ряд историков считает, что поводом для опалы стали споры о том, кому достанется трон после смерти Ивана III — его второму сыну Василию или внуку Дмитрию. Князь Патрикеев и его сыновья Василий и Иван поддерживали внука, позиции которого изначально были более сильными. Однако расклады сил при дворе могли меняться очень быстро, и Патрикеевы, по-видимому, стали жертвами этого непостоянства. Есть и другая версия, согласно которой потомки Гедимина были сторонниками русско-литовского сближения, которое к тому времени было маловероятным и вызывало лишь раздражение Ивана III. Так или иначе, жизни Ивана Юрьевича и его детей не закончились на плахе лишь благодаря заступничеству митрополита Симона. В результате Патрикеевых постригли в монахи, а их собственность была изъята в казну.
Князь Иван Юрьевич умер вскоре после этого, а вот один из его сыновей Василий ещё успел сыграть свою роль в истории. После пострига он получил имя Вассиан и быстро прославился в монашеских кругах благодаря своей начитанности и быстрому уму. Патрикеев был учеником знаменитого Нила Сорского и под его влиянием примкнул к движению нестяжателей, которые выступали против втягивания церкви в мирские дела. Ближайшим соратником Вассиана был Максим Грек. Также Василий Патрикеев сблизился со своим тёзкой, новым великим князем Московским Василием III. Но в конечном счёте ему было суждено повторить судьбу своего отца: Вассиан навлёк на себя гнев государя, выступив против его развода с первой женой. За этим последовала новая опала, и монах умер в заточении после 1531 года. Род Патрикеевых, ещё недавно столь могущественный и влиятельный, вскоре пресёкся.