Он был председателем правительства и главой внешнеполитического ведомства, некоторое время курировал атомный проект, надежно держался генеральной линии в политических вопросах. Однако в последние сталинские годы Молотов жил под дамокловым мечом — вот-вот он должен был стать жертвой нового витка репрессий.
После окончания Второй мировой войны в западной печати стали появляться материалы о возможном сталинском преемнике. В 1945 году советскому лидеру было уже за 65. Более того, начали появляться слухи о его болезни. Одна из сводок ТАСС, которую положили тогда на стол Сталина, содержала публикацию газеты «Чикаго трибьюн». Она гласила, что «в Москве происходит ожесточенная закулисная борьба за власть между маршалом Жуковым и министром иностранных дел Молотовым, которые пытаются занять диктаторское место Сталина».
Подобные разговоры, даже за рубежом, вызывали в Кремле раздражение. Сталин отличался мнительностью, он боялся самой идеи преемника. Именно поэтому его атака на Молотова — закономерное событие.
29 января 1949 года в Москве была арестована жена Молотова Полина Жемчужина, которую за месяц до того демонстративно исключили из партии. Еврейка по национальности, она была связана с Еврейским антифашистским комитетом, созданным в 1941-м для обеспечения материальной помощи СССР со стороны международной еврейской общественности. Ее арест произошел на фоне поднимающего голову в Советском Союзе антисемитизма.
Еще через два месяца Молотов был освобожден от поста министра иностранных дел, который он занимал с 1939 года (до 1946-ого — нарком). На этой должности Молотов подписал договор о ненападении с Германией, который накануне Второй мировой войны разделил Восточную Европу на немецкую и советскую сферы влияния. Одновременно в опалу попал другой человек из ближайшего сталинского окружения — Анастас Микоян. Он лишился должности министра внешней торговли.
Микоян и Молотов были самыми давними членами Политбюро, самыми старыми соратниками Сталина, выдвинувшего их на руководящие должности в партии и государстве еще в 1920-ые гг. Оба аппаратчика пережили Большой террор. Молотов и вовсе активно участвовал в репрессиях, визируя расстрельные списки (их насчитывается как минимум 372). При этом даже после 1949 года он остался на других руководящих должностях (член Политбюро, заместитель председателя правительства). Но всякому опытному советскому номенклатурщику уже тогда стало ясно, что на Молотове поставлена черная метка.
Новый удар был сделан в октябре 1952 года после XIX съезда партии. На Пленуме ЦК Сталин обрушился на Молотова, обвинил его в пособничестве сионизму и капитулянтстве перед буржуазной идеологией. Писатель Константин Симонов, кандидат в члены ЦК, присутствовал на Пленуме и вспоминал: «Молотов и Микоян выступали, а мне казалось, что это не люди, а белые маски, очень похожие на лица и в то же время совершенно непохожие, уже не живые. Сталин целенаправленно бил по своим многолетним соратникам. Сталин бил, вышибая из строя своих возможных преемников. И хотел это дать понять всем, кто собрался на Пленум».
До смерти Сталина оставалось несколько месяцев. На весну 1953 года был назначен суд по «делу врачей». Новый антисемитский процесс с публичными казнями отравителей на площадях не состоялся по причине кончины вождя. Показания осужденных могли привести следствие к Молотову если бы были выбиты свидетельства о связи врачей и «слабого звена» в советском руководстве, уже подозреваемого в шпионаже на сионистов. Но все обошлось. Новой чистки не произошло. После смерти Сталина дело рассыпалось само собой.
Весной 1953 года Молотов вернулся на руководящие должности. В новой системе коллективного руководства он вновь занял должность министра иностранных дел. Сначала Молотов поддержал Хрущева в аресте Берии и снятии Маленкова. Затем сам вместе с Кагановичем и Маленковым вступил в «антипартийную группу» против Хрущева, но проиграл аппаратную борьбу и был отправлен на пенсию. С наступлением оттепели и после критики культа личности поражение в борьбе за власть не угрожало расстрелом и обвинением в шпионаже. Бывший нарком воссоединился со своей семьей и тихо дожил до 1986 года, умерев в возрасте 96 лет. Через три года в КПСС признали существование секретного протокола к пакту Молотова-Риббентропа.