Радости Великой армии мешал тот факт, что город был почти пуст. Не добавляли оптимизма и слухи о готовящихся пожарах — очевидцы свидетельствовали, что над центром города уже при вступлении французов стоял дым. Офицер Лабом писал: «Торжественность и святость окружающей обстановки внушали нам сильное уважение к побеждённому нами народу и невольный страх, который порождает всякая сделанная большая несправедливость».
Расплата настигла французов через несколько часов после размещения в Москве — во многих местах начался пожар, а уже к утру центр города был объят пламенем, в пылу которого захватчиков нередко поджидали ружейный огонь и острые пики оставшихся русских.
Пожар начался по приказу московского генерал-губернатора Ф. В. Ростопчина и из-за хаоса, в котором каждый мародёр норовил уронить факел, чтобы освободить руки для добычи. Пожарное оборудование было эвакуировано, и попытки навести порядок в городе были безуспешны. Лучше всего об обстановке в Москве, борьбе с поджогами и последствиях пожаров рассказали сами офицеры Наполеона.
Роос, в ночь на 15 сентября: «Мы увидели, как пламя поднимается во многих местах города; мы увидели скоро восемнадцать таких мест, и их число быстро возрастало […] При таком зрелище мы смолкли и с изумлением глядели друг на друга, казалось, мы читали на всех лицах, что каждый считает это за дурное предзнаменование».
Бургон, в одном из домов Москвы вечером 14 сентября: «В обширной столовой обрушился потолок, хрустальная люстра разлетелась вдребезги, и всё это произошло от того, что нарочно были положены ядра в большую изразцовую печь. Русские рассудили, что для того, чтобы истреблять нас, всякое средство годится. […] [Позднее] мы встретили патруль егерей […] Командовавший ими сержант рассказал мне, что они видели каторжников, поджигавших несколько домов, и что одному из них он принуждён был отсечь кисть руки саблей, чтобы заставить его бросить факел, но когда факел выпал у него из правой руки, он поднял его левой, с намерением продолжать поджоги; они принуждены были убить его».
Из дневника Ложье, утро 16 сентября: «В центре города нет ни одного уцелевшего от огня магазина […] Потоки огня вырываются из этого огромного костра, увенчанного густой тучей дыма. Самые смелые солдаты решаются ещё броситься в это горнило; они выскакивают оттуда обожжённые, но нагруженные драгоценностями. Видя это, другие следуют их примеру, но, менее счастливые, они часто не возвращаются».
Фоссен: «Солдаты, как только вступили в предместья, тотчас разбежались в разные стороны, кто куда хотел, входили в горящие дома, забирали всё, что только попадалось им, особенно в погребах […]. Зачастую можно было видеть, как верхняя часть домов, подгорев, обрушивалась над погребами, полными пьяных солдат, пьющих за здоровье проходящих мимо товарищей. Таким образом погибли целые тысячи людей».
Пьон де Лош: «Я перевёл свой отряд за заставу, по дороге к Петровскому дворцу. Стоящий у заставы караул не мог идти на добычу в город, и потому их офицер в виде контрибуции отбирал у проходящих мимо солдат часть их добычи. […] Его солдаты были мертвецки пьяны, и он сам подавал им пример, едва держась на ногах».
Лейб-хирург Ж. Ларрей: «Наконец, 8−10 дней спустя весь обширный и прекрасный город был превращён в пепел. […] Изобилие, к которому привели неустанные розыски, повредило дисциплине армии и здоровью неумеренных людей. Эта причина сама по себе должна была ускорить наше отступление в Польшу. Москва стала для нашего войска второй Капуей».
Дедем: «Если бы в городе был порядок, то армии хватило бы продовольствия на три месяца; но дисциплины более не существовало. Провиантские чиновники думали только о себе. Раненым генералам отказывали в красном вине под предлогом, будто его не было. […] Жителям Москвы надоели безобразия, чинимые нашими слугами; потеряв терпение, они стали убивать их или бежали просить помощи у казаков, в то время как наши люди пировали и нагружали всяким добром свои повозки и лошадей».
Гриуа: «Большинство из солдат, для которых покинутые погреба представляли лёгкую добычу, валялись пьяными и полумёртвыми посреди груды осколков от бутылок, которыми были засорены все улицы. От такого поголовного пьянства происходили часто драки, сопровождавшиеся кровопролитием. Я был свидетелем одной подобной сцены. Однажды я увидал около дверей гостиницы солдат, нагруженных бутылками; я подошёл, чтоб купить у них вина. Через довольно узкую опускную дверь, с помощью лестницы выходили они из подвала, в глубине которого стоял страшный шум — было ясно, что там в темноте спорили и дрались. Вскоре из подвала показался ужасно бледный драгун, залитый кровью и вином. Он сделал несколько шагов, упал и здесь уже на улице, умер, окружённый бутылками, которые он держал и с которыми решился расстаться, только умирая».
Лабом: «Пребывание в столице, когда-то блестящей, но теперь разрушенной, не представляло ничего привлекательного. Деревни были пустынны — крестьяне и казаки объезжали страну, задерживая наши транспорты, останавливая наших курьеров и вообще причиняя нам непоправимое зло. Наше положение становилось всё более и более невыносимо: недостаток в съестных припасах увеличивался, недовольство среди солдат росло с каждым днём. В довершение несчастий мысль о мире была лишена всякой вероятности».
Иелин о выступлении из Москвы: «За пять недель своего пребывания в Москве армия снова достаточно оправилась и, несмотря на постоянные потери во время военных фуражировок, снова насчитывала до 100 000 годных к бою солдат. Но это уже не была энергичная армия: большая её часть вяло тащилась, а не по-прежнему бодро маршировала».
Главным последствием пребывания в Москве было влияние пожаров и хаоса на боевой дух армии. Пожары (в основном завершились 20 сентября) провоцировали на отчаянный грабёж, безудержное пьянство и драки между французами за добычу. Воистину, подобно тому, как когда-то Капуя навсегда изменила армию Ганнибала, Москва нанесла сильный удар по дисциплине и стойкости французов, пошатнула веру в победу.
Армия стояла перед угрозой окончательного морального разложения и проблем с обеспечением провиантом. Наполеон принял решение покинуть город 19 октября и попытаться найти припасы и место для зимовки в другом районе страны. После спешного отступления из города немыслим уже был немедленный поход на Петербург, лишь дальнейшее отступление виделось спасением Великой армии, не восполнившей, а утратившей в Москве свои силы.