Малые Зондские острова состоят из шести более крупных и многочисленных мелких островов, расположенных к востоку от Явы. Их общая площадь составляет 87 тысяч км², население — 14 миллионов жителей (2010). Наиболее крупными островами являются (с запада на восток) Бали, Ломбок, Сумбава, Флорес и Тимор. К югу от Флореса расположен остров Сумба.
Малые Зондские острова вулканического происхождения и, соостветственно их ландшафт весьма гористый. Самой высокой точкой архипелага является гора Ринджани на острове Ломбок, чья высота составляет 3726 м.
Между Бали и Ломбоком находится линия Уоллеса, образующая биогеографическую границу между Азией и континентом Австралия. Остров Комодо известен своими комодскими варанами, самыми крупными чешуйчатыми. На острове Флорес были обнаружены останки низкорослого вида людей, названного в честь острова человеком флоресским.