Осенью 1991 года президенты новых государственных образований ещё не подписали в Беловежской пуще судьбоносное соглашение, но фактически Союз уже перестал существовать. В республиках перераспределялись властные полномочия и перекраивались политические системы. Карабахский конфликт, который вовсю тлел уже несколько лет, вот-вот должен был разгореться. У Кремля не хватило мудрости решить эту проблему ещё до того, как она вылилась в вооружённое противостояние. По данным 1979 г., армянское сообщество Нагорного Карабаха, который формально считался с 1921 г. автономией в составе Азербайджанской ССР, насчитывало 123 тыс. человек, а азербайджанское — 37 тыс. Стремление армянского большинства воссоединиться с Арменией, о котором Карабах не раз открыто заявлял Москве, Баку и Еревану с 1988 года, не было услышано. В 1991 году время для пусть и сложных, но бескровных административно-правовых решений о границах республик и их субъектов в составе СССР вышло.
Право на самоопределение — быть или не быть Нагорно-Карабахской республике
В середине 1991 года межэтнический конфликт обострился. Азербайджан вёл политику подавления армянского национального движения и депортировал жителей нескольких десятков армянских сёл Нагорного Карабаха. Продолжались локальные вооружённые столкновения, взаимные обстрелы и погромы. В Армению стекались тысячи беженцев из Азербайджана, в обратном направлении тянулись беженцы-азербайджанцы. На этом фоне начался «парад суверенитетов» союзных республик. 29 августа о своей государственной независимости объявил Азербайджан. 21 сентября то же сделала Армения, а позднее — и Нагорный Карабах.
Право на самоопределение одного народа столкнулось с правом другого на сохранение территориальной целостности. Баку не признал право Степанакерта на самоопределение и факт образования Нагорно-Карабахской республики. Азербайджанцы стремились установить над этой территорией суверенитет репрессивными мерами и отказывались от переговоров с Армений, настаивая, что Карабах — их внутреннее дело. Однако фактически Карабах вышел из-под контроля Баку, азербайджанские отряды (в основном ОМОН) к тому времени оставались только в поселениях, жителями которых были азербайджанцы. Тем не менее карабахцы оказались в трудном положении — в блокаде. Попытки Армении вести переговоры с Азербайджаном при посредничестве Ельцина и Назарбаева закончились весьма скромными успехами: объявленное 23 сентября намерение сторон прекратить огонь до 1 января 1992 года не подкреплялось никакими механизмами его обеспечения. Остальные договорённости (информационное сотрудничество, взаимодействие правоохранительных органов
Фактически началась полномасштабная война. Советская армия заняла нейтральную позицию и постепенно покидала Азербайджан и Армению, стороны начали формировать собственные вооружённые силы, которые, однако, ещё долго будут походить скорее на полупартизанские отряды ополченцев, чем на армию. Жителям Нагорного Карабаха предстояло воевать за своё право на самоопределение.
Карабахская война — за границы суверенитета
Азербайджану досталось довольно богатое военное наследие. На территории бывшей союзной республики располагалось больше складов оружия и боеприпасов, а также танков, БМП и орудий, авиации, а кроме того — ракет, снарядов и патронов на 10 тыс. вагонов. Для сравнения — у Армении боеприпасов имелось на 500 вагонов и было значительно меньше техники. Отрезанный Карабах снабжать удавалось в основном по воздуху в весьма ограниченных объёмах (формально Армения как будто не участвовала в военном конфликте). Азербайджан использовал своё преимущество. Как пишет армянский учёный С. Золян, только с 1 ноября 1991 г. по 27 января 1992 г. азербайджанские отряды 80 раз обстреляли Нагорный Карабах, в основном Степанакерт (в том числе «Градами») — было использовано более 2,7 тыс. ракет и снарядов, разрушено несколько сотен зданий, убито 47 человек. В то же время произошло 46 вооружённых столкновений, в которых погибло ещё 42 человека.
В этот период Нагорный Карабах ещё раз заявил о своей независимости. 10 декабря на референдуме 99,89% избирателей проголосовало за создание самостоятельной республики (против высказалось всего 24 человека).
Реализовать своё преимущество в численности и вооружении азербайджанцам не удалось (катастрофически не хватало дисциплины, единого командования, а главное — мешали политические распри в Баку). В январе 1992 г. армяне Нагорного Карабаха перешли в наступление — захватили ряд деревень вокруг Степанакерта и изгнали множество азербайджанских жителей. 26 февраля штурмовали город Ходжалы — единственный в НКР, где имелся аэродром. После штурма штурмующие отряды убили, по данным азербайджанского парламентского расследования, 485 человек, в основном мирных жителей (вопрос о том, сколько именно погибло в результате резни, и отстреливались ли бежавшие из города, до сих пор не прояснён). В мае 1992 г. армяне наконец захватили г. Шуша и сняли осаду Степанакерта (55-тысячный город превратился к тому времени в руины). Итогом стала ещё одна политическая междоусобица в Азербайджане — оппозиция свергла президента Аяза Муталибова.
После этого начались бои за карабахские деревни вокруг городов. Одним из самых жестоких событий 1992 г. стала бойня 10 апреля в Мараге — небольшом армянском поселении. Жертвами вновь оказались мирные жители (около 50 человек). Однако постепенно азербайджанцев вытеснили почти из всего Карабаха (кроме северной части). В мае армяне захватили азербайджанский г. Лачин в коридоре между НКР и Арменией. Его гарнизон не стал обороняться и отступил. Так Карабах получил постоянную сухопутную связь с Арменией, а значит — военные поставки.
В ходе 1992−1993 гг. вооружённые формирования сторон всё больше приобретали характер регулярных войск. К концу конфликта в распоряжении Азербайджана насчитывалось более 40 тыс., человек, Армении и Карабаха — более 20 тыс. Кроме ополченцев, наёмников и «солдат удачи» армии комплектовались призывниками. Летом 1993 г. карабахцы использовались очередной политический кризис в Азербайджане и за несколько месяцев заняли почти весь север Нагорного Карабаха, затем Агдам, Физули и Джебраил (а всего 5 районов Азербайджана). Больше всего крови пролилось в последние полгода войны — с декабря 1993 г. по май 1994 г. Множество недавно призванных молодых солдат погибло в боях за карабахские поселения. Армяне потеряли около 2 тыс. человек, а азербайджанцы — примерно 4 тыс., но достигли лишь незначительных успехов.
К маю 1994 г. обе стороны истощили свои ресурсы. Люди устали от войны. Лишь тогда начались переговоры, хотя международные посредники (Россия, Казахстан, Иран, западноевропейские страны и США, ООН и ОБСЕ) и прежде пытались призвать Армению и Азербайджан к миру. Соглашение о бессрочном режиме прекращения представители НКР (командующий армией Самвел Бабаян), Армении (министр обороны Серж Саркисян) и Азербайджана (министр обороны Мамедрафи Мамедов) подписали 11 мая. В ночь на 12 мая оно вступило в силу. Фактически Баку пришлось признать участие армян в судьбе Нагорного Карабаха и существование неподконтрольной Азербайджану НКР, воссоединившейся с Арменией. Наступил «холодный мир».
В ходе войны 1991 — 1994 гг. погибло более 11 тыс. азербайджанцев и около 16 тыс. армян (не считая мирных жителей). Несправедливость и чудовищную жестокость терпели люди обеих сторон. Армению покинуло около 170 тыс. азербайджанцев, ещё около 20 тыс. беженцев уехало из Нагорного Карабаха. Азербайджан (включая Карабах) оставило 350 тыс. армян.
С тех пор армяне и азербайджанцы так и не заключили мирный договор, статус НКР остался неопределённым, а конфликт неразрешённым. Нагорный Карабах по-прежнему — кровоточащая рана Закавказья, а жизни его жителей — разменные монеты в руках политиков.