Аль-Хаким родился в семье египетского правителя Абу Мансура аль-Азиза. По одной из версий, в детстве Аль-Хаким тяжело болел и чудом выздоровел. Он вступил на престол в возрасте 11 лет в 996 году, и поначалу управление страной за него осуществляли влиятельные вельможи. Юный Хаким не вмешивался в дела противоборствующих группировок.
Однако с течением времени халиф стал проводить в жизнь самостоятельные решения и нажил себе врагов среди представителей всех конфессий. Так, например, Хаким запретил употреблять алкоголь и использовать в обрядах вино. В борьбе с виноделием халиф не пожалел цветущие виноградники, они были уничтожены. Кроме того, теперь не разрешалось иметь рабов, и это нововведение настроило против халифа богатых подданных. Правитель запретил проституцию и ростовщичество — эти явления хоть и порицались, но все же были весьма распространенными. Дельцы, получавшие неплохую прибыль, также вошли в «армию» недоброжелателей Хакима. Тех, кто нарушал новые законы, ожидала казнь. Говорили, что Хаким любил лично присутствовать при наказании провинившихся.
Правитель реализовал широкий круг нововведений. В том числе, было запрещено многоженство (точнее, жениться на нескольких девушках теперь можно было лишь в определенных случаях). Обычно правитель появлялся на публике в простых белых одеждах, он подолгу медитировал. Любые развлечения, например, танцы и музыка, оказались под строгим запретом. Склонный к аскезе, Аль-Хаким требовал такого же поведения от своих подданных.
Он интересовался астрологией и распорядился создать обсерваторию на горе Мукаттам. Халиф покровительствовал писателям, а также арабскому математику, известному под именем Альхазен. Ученый создал проект по регулированию вод Нила, и Хаким пригласил его в Египет. На месте Альхазен увидел, что реализовать проект невозможно и сообщил об этом халифу. Тот пришел в ярость и конфисковал имущество ученого. Альхазену пришлось притворяться умалишенным до самой смерти Хакима, чтобы избежать расправы.
Хаким покровительствовал крупному арабскому астроному Ибн Юнусу. Составленные им астрономические таблицы использовались целых 200 лет.
Велось масштабное строительство, была достроена мечеть аль-Азхар. Сегодня это одна из самых известных мечетей в мусульманском мире. Величественная постройка символизировала могущество Фатимидов.
Халиф воевал в Северной Африке и в Сирии. Утверждалось также, что он притеснял евреев и христиан. Конец его правления оказался неожиданным. В 36 лет Хаким исчез, отправившись медитировать ночью. Престол унаследовал его сын.