Создателем матрёшки был художник Сергей Малютин, апологет стиля a la russe в искусстве. Произошло «рождение» главного русского сувенира в начале 1890-х годов в московской игрушечной мастерской «Детское воспитание». Кукла настолько удачно ассимилировалась со старинными крестьянскими игрушками, что всего через несколько десятилетий в сознании людей прочно закрепился миф, будто с матрёшками играли ещё при царе Горохе.
Более того, прототипом матрёшки стала японская традиционная кукла. Диковинную вещицу, внутри которой было ещё шесть куколок поменьше, привезла из Японии супруга Саввы Мамонтова Елизавета. Вся эта сложносочинённая игрушка символизировала «семь богов счастья». Малютин, увидев этот заморский сувенир, решил переработать его на отечественный лад.
Первый набор вкладывающихся друг в друга кукол состоял из восьми предметов. Все куклы были расписаны по-разному: среди них встречались как девочки, так и мальчики, а самая маленькая олицетворяла младенца в пелёнках. Старшая же «сестрица» держала в руках чёрного петуха. Этот набор, расписанный Малютиным, сейчас хранится в Музее игрушки в Сергиевом Посаде.
В 1900 году матрёшка была представлена на Всемирной выставке в Париже. Мода на матрёшек после этого охватила не только Россию, но и Европу, где «русский стиль» в ту пору был популярен как в искусстве, так и в интерьере и одежде.
Сергиев Посад стал одним из первых крупных центров матрёшечного производства. Другими значимыми производителями стали город Семёнов Нижегородской губернии и село Полхов-Майдан. При этом знатоки на глаз могли определить, где изготовлена матрёшка: сергиевские куклы казались более сбитыми и приземистыми по сравнению с семёновскими. Вскоре матрёшечное производство вышло далеко за пределы России: в Германии, например, начали производить подделки, выдавая их за настоящих русских матрёшек.
Наиболее распространённым типом матрёшки является игрушка из пяти кукол, однако всё зависит лишь от фантазии и мастерства ремесленника. Рекорд был поставлен в 1913 году: на свет появилась матрёшка из 48 фигурок.