Андрей Ющинский пропал утром 12 марта 1911 года по дороге в школу. 20 марта его тело, практически обескровленное, нашли в небольшой пещере игравшие неподалеку мальчишки. Труп был в сидячем положении и связан, рядом с ним нашли одежду и тетради, по надписям на которых потом и опознали Андрея. На его теле было 47 колотых ран, нанесенных шилом. Экспертиза установила, что мальчик был убит около 10 часов утра 12 марта. В первые же дни после обнаружения тела мальчика родственникам и следователям стали приходить анонимные письма, в которых утверждалось, что Андрей был ритуально убит евреями, чтобы получить его кровь для приготовления мацы.
Версия о «кровавом навете» существует еще с давних времен. Подобные обвинения в адрес евреев были распространены в средневековой Европе, а в XIX веке в России даже был возбужден целый ряд таких дел. Хоть ни одно из обвинений не было доказано, слухи о «кровавом навете» возникали довольно часто и служили катализатором антисемитских настроений. По городу стали ходить листовки с призывом: «Православные христиане! Мальчик замучен жидами, поэтому бейте жидов, изгоняйте их, не прощайте пролития православной крови!». Представители черносотенных организаций утверждали, что мальчика намеренно убили в преддверии еврейской Пасхи, которая в тот год приходилась на 1 апреля.
В ходе предварительного следствия версия о ритуальном убийстве не отрицалась, однако следователи не нашли ей никакого подтверждения. Они больше склонялись к тому, что мальчика убили из корыстных целей его родственники. Он был внебрачным сыном киевского мещанина и тот якобы оставил мальчику значительную сумму денег. Под подозрение попали мать и отчим Андрея, а также другие родные мальчика, однако позднее выяснилось, что признания были выбиты силой. Большое влияние на расследование оказала пресса, которая выдвигала все новые и новые версии. Как только версия о причастности родных Ющинского развалилась, тут же появились обвинения в адрес цыган, табор которых стоял недалеко от места преступления.
Усилиями черносотенцев и крайне правых обычное убийство стало превращаться в ритуальное дело. Этому способствовала и политическая обстановка в стране. В феврале 1911 года Госдума начала обсуждение законопроекта, отменяющего черту оседлости. Вопрос о правах евреев стоял тогда остро, и дело об убийстве Ющинского стало ключевым аргументом в публикациях антисемитского характера. Черносотенная пресса выступала с обвинениями в адрес власти в бездействии. Тогда министр юстиции Щегловитов обратился к Столыпину с просьбой обратить внимание на это дело и поручил наблюдение за ходом расследования прокурору Киевской судебной палаты Георгию Чаплинскому, который отличался крайним юдофобством. Позднее Пуришкевич и другие депутаты внесли проект запроса, в котором ритуальное убийство Ющинского утверждалось как факт. Чаплинский тоже был убежден в этой версии и даже отмечал, что министр юстиции с ним согласен.
Следствие полностью сконцентрировалось только на этой версии. Почти с начала дела активное участие в розыске принимала черносотенная организация «Союз русского народа», которая практически выполняла прокурорский надзор. Местные следователи, которые продолжали развивать версию о не ритуальном убийстве, вскоре были отстранены. Примечательно, что даже экспертиза не выявила в характере ранений никакого ритуального подтекста. Предполагалось, что для обряда раны должны быть нанесены еще живой и находящейся в сознании жертве так, чтобы извлечь из ее тела как можно больше крови. Однако результаты вскрытия показали, что нет оснований говорить о проведении подобного ритуала. Это следствие не удовлетворило, и была заказана повторная экспертиза, которая предварительно тоже свидетельствовала против ритуальной версии. Однако спустя месяц после вскрытия в акте были указаны доводы совершенно противоположные, полностью поддерживающие официальную версию. Они и легли в основу для предъявления обвинений Бейлису. Позднее российские и европейские специалисты единодушно опротестую результаты экспертизы и заявят, что большинство ран носило поверхностный характер и не могло свидетельствовать о намерении выточить кровь.
Однако Чаплинский все же поручил параллельно с основными следственными действиями провести независимое расследование по поиску убийц Андрея Ющинского. Аналогичное поручение дал и Столыпин. Подозрение пало на Веру Чеберяк, которая когда-то была соседкой семьи мальчика. Она была известной держательницей воровского притона и скупщицей краденного, ее сводный брат Петр Сингаевский был профессиональным вором. Андрей Ющинский дружил с сыном Чеберяк Женей. Тот сначала рассказал, что утром 12 марта Андрей приходил к нему домой и они играли в расположенной неподалеку усадьбе Бернера, однако потом он изменил свои показания и утверждал, что видел Андрея в последний раз за 10 дней до убийства. Фонарщик Казимир Шаховский тоже показал, что видел утром Андрея и Женю у дома Чеберяков.
Также свидетели говорили, что мальчики поссорились в тот день, и Андрей пригрозил, что расскажет полиции, что мать Жени принимает краденые вещи и укрывает преступников. Согласно слухам, Женя тут же рассказал об этом матери, и это послужило мотивом для убийства. Вера Чеберяк была арестована, однако по приказу Чаплинского, который считал, что незачем мучить «невинную женщину», ее отпустили. Позднее ее вновь арестовали вместе с Бейлисом, но вскоре опять отпустили. Первым делом она поехала в больницу к умирающему сыну и забрала его оттуда. Была версия, что мальчика отравили, но на деле ребенок страдал от дизентерии. Когда мальчик был в агонии и стал вспоминать про Андрея, мать только и повторяла: «Скажи им (агентам), что я по этому делу ничего не знаю». Женя умер 8 августа, через неделю умерла его сестра Валя. Независимое следствие установило круг сообщников Чеберяк и пришло к выводу, что Мендель Бейлис невиновен. Соответствующие доклады были направлены Чаплинскому, министру юстиции и Столыпину. Но их проигнорировали. Подготовка суда над Бейлисом продолжалась.
Мендель Бейлис был сыном религиозного хасида, но сам к религии был равнодушен и работал по субботам. Он был приказчиком на кирпичном заводе Зайцева и пользовался уважением среди жителей. Его репутация была настолько высока, что даже во время еврейских погромов 1905 года черносотенцы обещали не трогать его семью. 22 июля 1911 года его арестовали по подозрению в убийстве Ющинского. Первым показания дал черносотенец, студент Владимир Голубев, который с самого начала принимал активное участие в следствии, предоставлял различные «улики» в пользу ритуальной версии и даже допрашивал некоторых свидетелей. Он заявил, что вблизи пещеры есть усадьба Зайцева, где проживает Мендель, который якобы и убил ребенка.
Позднее фонарщик, который сначала утверждал, что видел Андрея и Женю у дома Чеберяк, стал говорить, что мальчишек, играющих на территории завода, спугнул Мендель. Жена фонарщика и вовсе стала утверждать, что муж сам видел, как Медель тащил Андрея к обжигательной печи. На суде Шаховские давали путанные показания, из которых следовало, что им угрожали ссылкой на Камчатку, если они не оговорят Бейлиса. Вскоре появились и другие показания. Иван Козаченко, который был сокамерником Бейлиса, показал, что тот просил его отравить двух свидетелей по делу — фонарщика и сапожника Наконечного, который свидетельствовал в пользу Бейлиса. Когда же следователь выяснил ложность утверждений Козаченко, сокамерник Бейлиса во всем признался. Однако Чаплинский проигнорировал и это обстоятельство. Показания дал и муж Веры Чеберяк, который рассказал, что Женя видел двух евреев в необычных костюмах, которые приходили к Бейлису. В более поздних показаниях два еврея стали двумя раввинами, которые вместе с Бейлисом погнались за Андреем и утащили его. С такими показаниями дело было передано в суд в январе 1912 года.
Между тем, киевские адвокаты инициировали комитет по защите Бейлиса и пытались установить реальных убийц Ющинского. Особенно активно этим занимался журналист Сергей Бразуль-Брушковский. Он провел свое расследование в отношении Чеберяк, однако его результаты были признаны несостоятельными. Правда, в ходе своей работы журналист спровоцировал обвинение в отношении Чеберяк со стороны ее любовника, и она был осуждена на 8 месяцев тюрьмы. Это значительно подорвало ее авторитет «свидетельницы» по делу. К расследованию вскоре примкнул Николай Красовский, которого ранее уволили из полиции за то, что он не поддерживал официальную версию против Бейлиса, а пытался докопаться до истины и всячески мешал влиянию черносотенцев на следствие. Он занимался расследованием на раннем этапе.
Красовский был уверен, что ключ к разгадке — Вера Чеберяк. Он подослал к сводному брату Чеберяк своих агентов, и тот сознался в убийстве. Однако на суде он отказался от своих слов, а пересказ частной беседы не мог быть принят как улика. Бразуль-Брушковский в мае решил опубликовать результаты проведенного расследования. Это вызвало большой резонанс. Игнорировать такие показания было невозможно, и дело Бейлиса отправили на доследование. Убежденность киевских обывателей в его невиновности стала массовой.
В результате доследования в деле появились новые показания — Веры Чеберяк и ее дочери Люды. 9-летняя девочка показала, что видела, как Бейлис схватил Женю и Андрея, но Жене удалось вырваться. Андрея же Бейлис утащил к печи. Эти показания стали ключевыми в обвинении. Однако Люда говорила, что с ней была в этот момент дочь сапожника Дуня Наконечная, но та начисто отрицала показания Люды. В мае 1913 года дело снова передали в суд. Однако высшие чиновники прекрасно понимали слабость улик обвинения. Члены киевской судебной палаты считали, что дело надо прекратить за отсутствием улик. Председатель окружного суда отказался вести дело, и его пришлось заменить. Поначалу новый председатель вел процесс корректно, но потом он явно принял обвинительный уклон. На суде все попытки указать на несостоятельность обвинения приводили к упрекам в еврейском заговоре. В распоряжении обвинения были показания фонарщика и его жены, семьи Чеберяк. Однако в ходе процесса они были признаны лживыми.
Надо признать, что не только обвинение использовало лжесвидетельства. Например, свидетельница защиты — соседка Чебряк — утверждала, что видела, как из квартиры скупщицы выносили тело, завернутое в ковер. Однако на суде оказалось, что это ей приснилось. Экспертиза тоже была не на стороне обвинения. Прокурор использовал довольно сомнительных экспертов, которые на поверку показали свою полную некомпетентность в вопросах религии и психиатрии. Стоит отметить, что ни один представитель православной церкви не согласился выступить экспертом обвинения и осудить Бейлиса в религиозном убийстве. Обвинения полностью проиграло и психиатрический и богословский диспуты.
Защита в ходе процесса сумела доказать невиновность Бейлиса и причастность Веры Чебряк к убийству Ющинского. Присяжных спросили о факте убийства и о виновности Бейлиса. Факт убийства присяжные признали, но Бейлиса оправдали. 28 октября 1913 года после 2 лет заключения Менделя Бейлиса признали невиновным и немедленно освободили. Дело Бейлиса стало кульминацией преследования евреев в России в конце XIX — начале XX века. Представители русской, украинской и мировой общественности выступили против нового кровавого навета. Владимир Короленко составил протест по этому поводу, который подписали Блок, Гиппиус, Горький, Мережковский и другие писатели. В Германии на защиту евреев и Бейлиса среди прочих встали Томас Манн и Герхард Гауптман, в Англии — Герберт Уэллс и Остин Чемберлен. Большое влияние оказала и пресса. Даже известные русские националисты и антисемиты в своих газетах выступили против обвинителей Бейлиса. Василий Шульгин в серии своих статей просто разгромил позицию обвинения: «Не надо быть юристом, надо быть просто здравомыслящим человеком, чтобы понять, что обвинение против Бейлиса есть лепет, который любой защитник разобьёт шутя. И невольно становится обидно за киевскую прокуратуру и за всю русскую юстицию, которая решилась выступить на суд всего мира с таким убогим багажом».
Вскоре после окончания процесса Мендель Бейлис вместе с семьей уехал из России. Он некоторое время жил в Палестине и умер в США в 1935 году, издав книгу «История моих страданий». Вопрос же о виновности Веры Чеберяк и ее пособников в убийстве Андрея Ющинского остался неразрешенным.