Переход суворовской армии от Альтдорфа представлял огромные трудности. В горах погибли сотни солдат. Прибыв в Мутенскую долину, Суворов узнал о поражении Римского-Корсакова в ходе битвы при Цюрихе 25−26 сентября. В этом сражении 35 тысячам французских солдат противостояли русско-австрийские силы численностью 52 тысячи человек. Русские потеряли при Цюрихе убитыми и ранеными 7 тысяч человек, около 6 тысяч солдат попали в плен.
Положение складывалось тяжелое. До известия о поражении предполагалось, что Суворов соединится с силами Римского-Корсакова. Русские оказались в кольце: с одной стороны — непроходимые горы и озера, с другой — французские части. Запасы продовольствия подходили к концу. 29 сентября Суворов выступил с речью, в которой дал оценку действиям австрийских войск: «Мы окружены горами, окружены врагом сильным, возгордившимся победою. Со времени дела при Пруте, при Государе Императоре Петре Великом, русские войска никогда не были в таком гибелью грозящем положении… Нет, это уже не измена, а явное предательство. Разумное, рассчитанное предательство нас, столько крови своей проливших за спасение Австрии».
Битва при Цюрихе
На военном совете было решено двигаться в направлении Гларуса. Дорога к этому швейцарскому поселению была настолько узкой, что по ней могли одновременно двигаться только два-три человека, в некоторых местах ее преграждали огромные валуны. Переход было решено осуществить ночью, чтобы не попасть под обстрел. Стремясь окружить русскую армию, Андре Массена направил часть своих войск к выходу из Клентальской долины, а сам двинулся на Мутен с 18-тысячной группировкой. Во французской армии царило победное настроение; у руководства не оставалось сомнений в скором поражении русских. План уничтожения французских частей в Швейцарии силами 3-х группировок союзников провалился.
Андре Массена
Во главе русских войск при Гларусе стоял Петр Багратион, французских — Габриэль Молитор, который получил по итогам Швейцарской кампании чин дивизионного генерала. Русские атаковали французов ночью. Не менее 200 человек погибли, пытаясь переплыть через озеро Рутен. В плен к русским попали 300 солдат, неприятель был отброшен на 6 километров.
1 октября состоялось крупнейшее в ходе Швейцарского похода Суворова сражение в Мутенской долине. Французы потеряли от 3 до 6 тысяч солдат убитыми, русские — около 700 убитыми и ранеными. В результате этой битвы армия Суворова вышла из окружения, а 26 ноября направилась из Аугсбурга в Россию.