Современный герб Нефтеюганска утвержден в 2009 году.
Синий символизирует водные ресурсы. Нефтеюганск — единственный город в округе и Среднем Приобье, расположенный на островной территории: с севера его омывает река Обь, а с юга её протока — Юганская Обь.
Черный говорит о нефтяных месторождений. Для их разработки и был создан город. Нефтедобыча является основой экономики Нефтеюганска. Здесь добывается каждая пятая тонна российской нефти.
Медведь говорит об особенностях фауны и климата.