Первыми из европейцев на архипелаг высадились англичане: в 1609 его подробно обследовала и описала экспедиция капитана А.Шарпея. Первые постоянные поселения на островах Маэ и Праслен основали французы, которые с 1756 года стали создавать там плантации корицы, гвоздики и ванили. Именно тогда острова получили название по имени министра финансов Франции — Моро де Сешелля.
Французские колонисты завозили на Сейшельские острова рабов с Мадагаскара и из Восточной Африки. В 1794 году архипелаг захватила Британия, которая с середины 19—го века (после отмены в 1835 году рабства) стала поощрять иммиграцию на острова индийцев, занимавшихся торговлей или работавших на кокосовых плантациях. В 1814 году, согласно Парижскому договору, Сейшельские острова официально стали британскими владениями.
В 1840 году острова были административно присоединены к британской колонии Маврикий, откуда на них стали переселяться китайцы. В 1903 Сейшелы были выделены в отдельную коронную колонию Великобритании. В это же время на островах появились переселенцы из Аравии.
В 1965 году Великобритания отторгла от Сейшел острова Альдабра, Фаркуар, Дерош и некоторые другие. Вместе с архипелагом Чагос они были превращены в Британскую территорию в Индийском океане.
28 июня 1976 года Великобритания предоставила независимость Сейшелам. В результате выборов большинство в парламенте страны получила Демократическая партия, премьер—министром стал Джеймс Мэнчем. ДП получила около 52 % голосов и 13 мест в парламенте, Объединённая партия народа (ОПН) — около 48 % и 2 места.
5 июня 1977 года в результате вооружённого переворота к власти пришла ОПН, разделявшая марксистские, социалистические взгляды. В 1978 году ОПН была переименована в Народный прогрессивный фронт (НПФ), идейной основой которого был провозглашён социализм. В республике по конституции 1979 года была установлена однопартийная система, сельскохозяйственные угодья реквизированы у владельцев, были организованы сельскохозяйственные и рыболовные коллективные хозяйства.
В стране пресечены многочисленные попытки переворота: только за первые 2,5 года новой власти их было 3, подобные попытки были также в 1981—м (под руководством известного наёмника Майкла Хора), 1982—м, 1986—м и 1987—м годах.
С 1977 года Сейшелами бессменно правил глава ПФ Франс—Альбер Рене (избирался на пост президента в 1979, 1984, 1989, 1993, 1998 и 2001 годах). В 1991 году он и его партия согласились на проведение свободных выборов, а также отказались от марксизма. В 2004 году Рене добровольно ушёл с поста президента, передав его вице—президенту Джеймсу Мишелю, который был переизбран в 2006—м и 2011—м.
В 1993—м со 2—й попытки была принята новая конституция, провозгласившая отход от прежней линии, многопартийность, приватизацию, рыночное хозяйство и офшоры.