В 1494 году началась эпоха Итальянских войн. Французский король Карл VIII объявил о своих претензиях на престол Неаполитанского королевства и вторгся на Апеннинский полуостров. В ноябре его войска вошли во Флоренцию. Медичи были свергнуты. Французов встретила делегация во главе с влиятельным монахом и проповедником Джироламо Савонаролой. С этого момента и начался уникальный флорентийский эксперимент.
Савонарола был религиозным и политическим лидером города в 1494—1498 гг. Во Флоренции восстановили республиканские традиции. Жители выбрали аккаппиатори — 20 человек, ответственных за выбор людей на управляющие должности. Различные группировки вступили в борьбу за власть. В условиях неопределенности и безденежья появилась угроза народного бунта против богачей. На фоне этого Савонарола решил помимо религиозных дел заняться ешё и мирскими.
В своих проповедях монах призывал горожан отказаться от роскоши, раздать лишние вещи бедным и нуждающимся. Главная идея Савонаролы — перестать следовать частным интересам и задуматься об общем благе, сохраняя республиканский строй. По словам проповедника, все эти меры приведут Флоренцию к процветанию, и она сможет подать пример другим итальянским городам. В день всеобщего примирения была проведена амнистия сторонников прежнего порядка.
Савонарола был окружён художниками и поддерживал молодые таланты. Так, символом свободной Флоренции стала бронзовая скульптура Юдифи, отсекающей голову Олоферну. Монумент создал Донателло. Поклонником Савонаролы был Микеланджело, поддерживавший его политические идеи.
Проповедник убедил монахов монастыря Сан-Марко выкупить библиотеку Медичи и открыть её для общего доступа.
В Большой совет, отвечавший за принятие законов, было решено включить 60 выходцев из низов. При этом основу органа составляли, конечно, аристократы. Состав совета обновлялся раз в полгода. Сменяемость власти, которая должна была обезопасить город от тирании, стала одним из ключевых принципов управления республикой. Историки Флоренции считают законодательство эпохи Савонаролы самым стройным за всё время существования города.
Важным событием в жизни Флоренции был карнавал. В 1498 году этот народный праздник завершился сожжением безнравственных и вредных, по мнению влиятельного проповедника, книг. В их числе был «Декамерон» Бокаччо. Отобранные произведения искусства, а также маски и маскарадные костюмы были сложены в гигантскую пирамиду на городской площади и прилюдно сожжены.
Против радикально настроенного Савонаролы ополчилась церковь. Монах собирался созвать Вселенский собор для свержения Папы Римского Александра VI (из рода Борджиа). Сначала церковь запретила монаху проповедовать, затем над ним был устроен показательный суд. Савонарола был подвергнут жестоким пыткам и казнён. Вместе с ним погибли и его идеалы — Флоренция, привыкшая жизнь красиво и роскошно, устала от аскезы.
Против молодой республики выступили итальянские князья, папство, аристократия. Никколо Макиавелли объяснил неудачу Савонаролы великодушием по отношению к политическим оппонентам: «Он погиб, потому что не смог или не сумел победить завистников».