Второй раздел Речи Посполитой, который произошел в 1793 году, не мог не обернуться народными волнениями. Варшаву и несколько других городов тогда заняли российские гарнизоны, польскую армию в значительной мере реформировали, а частично даже распустили, горожане лишились практически всех своих привилегий, которые ранее даровала им Конституция. Пусть шляхта — так называли польское дворянство — внешне какое-то время и выражала внешнее согласие с захватчиками (Пруссией и Россией), однако втайне готовилась к масштабному восстанию.
Первые тревожные для Пруссии и Российской империи звоночки прозвучали, когда на занятых ими территориях начали распространять прокламации. В листовках объяснялась необходимость общего восстания для освобождения Речи Посполитой. «Стараясь, однако ж, объяснить, откуда в Вильне появились возмутительные бумаги, слышал, что оные вышли из канцелярии гетмана Коссаковского, которому с оштафетою прежде всех прислал оные брат его, лифляндский епископ Коссаковский», — рассказывал об этом некто Богуш, работавший в Великом княжестве Литовском и занимавший высокий пост в католической церкви.
Восстание, по свидетельствам современников, готовилось достаточно тщательно: заговорщики, как пишет один из приближенных, хранили свои тайны так, «что ежели бы и рубашка узнала, то и оную надлежало бы сбросить». «В Кракове, в Варшаве и Вильне хотели начать возмущение в одно время так, чтобы освобождая Варшаву от чужестранных войск, довершить ограниченной и не оконченной в 1789 году сейм. Принудят литовскую армию также действовать и, признав Костюшку начальником, сединиться с коронною армиею», — рассказывал после всех произошедших событий смоленской следственной комиссии участник восстания И. Дялынский.
Вооруженный мятеж в разных частях Польского королевства вспыхнул в начале апреля, в конце месяца — с 22 на 23 апреля — перебросился в Вильно. Ночью повстанцы взяли в плен русский гарнизон: несколько сотен человек и несколько орудий. «После полуночи напали на гауптвахту и, заняв оный, тотчас же арестовали российского генерала майора Арсеньева и всех штаб- и обер-офицеров. Нижних же чинов российских и рядовых, по некотором сопротивлении утомив, как публично, так и в домах чрез обывателей и самих хозяев резали. По произведении сего объявлена всенародная конфедерация и притом сделана публикация такого содержания, чтобы всякой шляхтич садился на коня вооруженною рукою и с пяти семей ставил на войну одного рекрута со всею к тому принадлежностию», — докладывал в Россию о начале бунта ротмистр Рудницкий.
Поначалу в восстании в Вильно принимало участие небольшое количество людей: сперва под командованием полковника Якоба Ясинского было лишь 400 человек из литовских военных частей. Однако после первых успешных действий к его отряду начали присоединяться новобранцы. Приток свежих сил ещё больше возрос после провозглашения на Ратушной площади «Акта восстания Литовского народа», которым бунтовщики объединили себя с Великопольским восстанием Тадеуша Костюшко.
24 апреля, то есть всего через два дня после начала волнений в городе, русский полковник Михаил Деев рапортовал: «Я от Вильни за тридцать верст и не знаю, что теперь и делать. Здесь везде открылся генеральный бунт: бьют в костелах денно и точно в набаты и шляхтичи с чернью собираются великими толпами в Вильню. Все польское войско взбунтовалось, и сказывают, что оного есть же пятнадцати тысяч человек и осмнатцать пушек, обще со взятыми от нас. Вильня самое гнездо бунтовщиков и со всех мест туда собираются, хотят сделать нападение».
Литовские военные, которых завербовали в русскую армию, начали скопом переходить в ряды мятежников. Вильно стал одним из главных очагов революционных действий, в то время как российская армия не могла оказать достойного сопротивления: остатки гарнизона разбежались, а военачальники, которые должны были подавить мятеж, стояли нерешительно на подступах к городу. «Здешний край около Вильни: дворянство все из своих поместий выехало в Вильну, а мужики все по их повелению вооружились ружьями, косами, топорами и пиками, с их семействами ушли в леса, где и велено им дожидаться сборных и к тому назначенных от бунтовщиков мест. Перехваченный изданный от бунтовщиков в Вильно манифест, которой были посланы к здешнему дворянству и духовенству, тож и первой номер виленских газет, честь имею вашему сиятельству поднести», — писал 27 апреля полковник Деев.
В мае участники восстания несколько раз сталкивались с российской армией за пределами Вильно, а также смогли взять под контроль ряд других городов: в их числе Брест, Гродно и Пинск. В начале июня российская армия решилась на штурм Вильно. «Вы при овладении Вильны иного не предполагаете, как только наказать тот город и тамошние богатые монастыри сильною контрибуцией взять, а монахов из города и из монастырей из самых первейших начальников с угрожением, что они как злодеи наказаны будут, ежели город оставаться станет в своем бунтовании. При том, чтобы забрать там всю артиллерию с зарядами, весь порох, свинец, всякое оружие, всякую амуницию и, одним словом, весь город, в нем всех обывателей обезоружить, взять весь хлеб и все сии вещи, чего забрать нельзя будет, то истребить, не оставляя их в пользу неприятеля», — такое письмо от военного руководства получил русский генерал Богдан Кнорринг.
В то же время руководитель общего восстания Тадеуш Костюшко сместил с поста главнокомандующего Вильно Ясинского. Вместо слишком радикально настроенного Ясинского войсками восставших стал руководить генерал-лейтенант Михаил Виельгорский.
Первый штурм, который прошел 19 июня, не дал результатов: в ожесточенных боях за город русская армия понесла тяжелые потери, однако Вильно так и не сдался. Военачальники в письмах Кноррингу не скрывали, что ждали от его действий совершенно другого результата. В частности, в одном из писем генералу приказывают «всячески умножать наступательные действия, собрав все силы, которых только можете, и обратиться опять на Вильну вместе с корпусом графа Зубова и всячески стараться истребить там оставшегося неприятеля, а потом и Вильна будет ваша».
Восставшие смогли продержаться в городе ещё несколько месяцев. Русские войска вошли под командованием Кнорринга вошли туда лишь в середине августа во время очередного штурма. Гарнизон Вильно капитулировал, а через пару дней властям пришлось подписать акт о лояльности России.