Армия была сформирована на Квантунском полуострове в 1931 году. Первоначально её численность составила около 15 тыс. человек. Здесь готовили диверсантов для операций против Советского Союза и Монголии. В 1938-м в Квантунской армии служили уже более 200 тыс. японцев. Именно эта армия была главной ударной силой во время операции «Нэкка», итогом которой стал захват японцами северных китайских провинций. В 1939-м Квантунская армия начала боевые действия против СССР и Монгольской Народной Республики на реке Халхин-Гол. В 1941-м численность этой военной группировки превысила миллион человек.
Операция «Нэкка» против войск Китайской республики длилась с января по май 1933-го. Она завершилась перемирием Тангу — зона к югу от Великой Китайской стены протяжённостью 100 километров была объявлена демилитаризованной. Япония получила право на разведывательные полёты над этой зоной.
В 1945-м наступлению советских войск наиболее упорно сопротивлялись японские диверсионные отряды. Солдаты расстреливали офицеров, которые приказывали им сдаться. Отряды смертников совершали теракты в отношении советских военнослужащих, уничтожали технику в тылу. Разоружение японских войск длилось с 19 августа по 2 сентября 1945 года. Отдельные подразделения Квантунской армии сопротивлялись советским войскам до 10 сентября. Главнокомандующий армией генерал Отодзо Ямада попал в плен и был приговорён военным трибуналом Приморского военного округа к 25 годам лишения свободы. В 1956-м Ямада был помилован.