Появились первые русские врачи, выученные за границей, — Пётр Постников и Григорий Волков. Значительно возросло число приглашенных иностранцев: только в 1697 году и только из Амстердама выписано 50 (!) медиков. Приобретаются целые научные коллекции — анатомическая профессора Рюйша (её и сегодня можно увидеть в Кунсткамере в Петербурге), зоологическая — аптекаря Себы, минералогическая — доктора Готвальда. Учреждаются госпитали, лекарские и хирургические училища, анатомические театры. Российская медицина бросается догонять европейскую.
Во время эпидемии чумы (1770-е) и холеры (1830-е и 1850-е) начали выставлять карантины, больные изолировались, захоронения умерших производились с соблюдением санитарно-гигиенических мер. Тёмная масса нередко принимала врачей за злых колдунов, и им приходилось работать с двойной опасностью для жизни.
Основой медицинского образования в России 18 века являлись госпитальные школы. Обучались в них 5−7 лет и по окончании сдавали строгий экзамен, с произведением перед комиссией хирургических манипуляций. Во второй половине века открывается Московский университет; его медицинский факультет раз в три года выпускал дюжину-другую дипломированных медиков.
В 19 веке возникают новые университеты и медицинские академии, развиваются хирургия и фармакология, акушерское и сестринское дело. Особое внимание — санитарным врачам и военным медикам. Армейские госпитали ужасны, военные врачи зачастую мало что умеют (вспомним судьбу Багратиона, умершего от не слишком тяжёлого ранения в результате ряда врачебных ошибок), но именно военное ведомство в первую очередь подталкивало дальнейшее развитие медицинской науки и практики.
Реформа казённой деревни, предпринятая в 1840-е годы, привела к стремительному росту доступности правильного лечения и родовспоможения для половины российских крестьян. Создаются сельские больницы (в 1838 году их было три, а в 1866-м — уже 269) и фельдшерско-акушерские пункты. Разумеется, в большинстве деревень к концу царствования Николая I по-прежнему люди лечатся молитвой, заговором и прикладыванием подорожника — охватить необъятную крестьянскую страну квалифицированной медицинской помощью сможет только земская медицина уже в последующие царствования.
Колоссальный рывок российской медицины в середине 19 века связан с именем великого хирурга и естествоиспытателя Н. И. Пирогова (1810−1881). В осаждённом Севастополе он заново создал систему оказания медицинской помощи в условиях боевых действий, организовав её таким образом, что число умерших от ран значительно сократилось. Его система просуществует с изменениями до середины 20 века и спасёт миллионы жизней в мировых войнах. Он же впервые в истории русской медицины применил гипсовую повязку; число ампутаций, которые теперь, кстати, производились под наркозом, резко уменьшилось. Большое внимание уделял Николай Иванович и подготовке медицинских сестёр, что позволило качественно улучшить уход за больными.