Тиф и холера, венерические заболевания, голод, проблемы с гигиеной и лекарствами, казалось, готовы были сделать то, чего не добились армии Колчака и Деникина. Новая власть, осознавая опасность, начала энергично выстраивать советскую медицину.
Выдающуюся роль сыграл в этом первый народный комиссар здравоохранения Николай Семашко. Земский врач и профессиональный революционер, он разрабатывал программы противоэпидемических мер, реформировал систему медицинского образования, руководил созданием общенациональной сети лечебных и лечебно-профилактических учреждений, сформировал специальные органы по надзору за санитарно-эпидемиологической обстановкой в стране, инициировал прививочные кампании.
В результате, несмотря на колоссальные трудности, в 1920-е годы была введена обязательная вакцинация против отдельных заболеваний, изобретены эффективные способы борьбы с туберкулёзом, заметно снижена заболеваемость полиомиелитом. Были открыты около 40 научно-исследовательских институтов.
В следующем десятилетии была практически полностью ликвидирована нехватка медицинских работников, в первую очередь врачей. С 1930 года все медицинские факультеты страны выделились из университетов и стали медицинскими институтами, которых к 1935 году по всей стране было уже 55, а в 1940-м — 72. В их состав включали фармацевтические, педиатрические, стоматологические факультеты, что способствовало образованию первых медицинских университетов; также была введена ординатура по клиническим кафедрам и аспирантура. Эти нововведения позволили ввести ключевую должность участкового врача, отвечавшего не только за лечение несложных заболеваний, но и ставшего первичным звеном диагностики.
К началу Великой Отечественной войны в СССР на 198,7 млн человек населения приходилось 155 тыс. врачей (в 1913-м — 28 тыс. врачей на 163,7 млн), 13,8 тыс. больничных учреждений на 791 тыс. коек. Благодаря наличию развитой сети учебных и лечебных учреждений, высокой квалификации значительной части персонала, в годы войны медицинской службе РККА удалось добиться фантастических результатов: из общего количества раненых в строй вернулись 71,7%, больных — 86,7%, что в общей сложности составило 17 млн человек.
Значительные успехи были достигнуты в применении новых методов лечения. Колоссальный рывок сделала хирургия: были разработаны революционные методики оказания помощи бойцам с ранениями груди, живота, головы. Началось активное внедрение антибиотиков: как получаемого по программе ленд-лиза американского пенициллина, так и советских антибактериальных препаратов, первый из которых был получен в 1942 году. Выдающимся достижением организаторов советской медицины в годы войны стало то, что во всех звеньях медицинской службы обобщался и систематизировался опыт отдельных врачей и госпиталей, что позволяло быстро его распространять в медицинской среде.
85 тысяч советских медиков, от санитаров до начальников медслужбы крупных соединений, не вернулись с войны. Вряд ли история медицины знает иной подвиг, равный по масштабу и значению.