Талейран брал взятки от врагов Франции в обмен на секреты императора, способствовал реставрации Бурбонов и был фигурантом громких политических скандалов. На фоне этих масштабных проектов дело герцога Энгиенского было для Шарля легкой задачей. Последний представлял младшую ветвь королевского дома Бурбонов и, таким образом, мог претендовать на французский престол. Начиная с 1792 года, герцог участвовал в боевых действиях на стороне контрреволюции. В 1801-м он поселился в Эттенхайме. Последний принц Конде женился и ушел в сторону от политической деятельности. Его имущество во Франции было конфисковано, мужчина жил на английскую пенсию. Талейран, рассчитывая нейтрализовать возможного противника, донес на него Наполеону. Агент докладывал: «Герцог Энгиенский ведет жизнь таинственную. Он принимает многих эмигрантов, часто отлучается, иногда на неделю, иногда на 10 и даже на 12 дней, но никто не знает куда: быть может, он ездит в Париж». В действительности герцог встречался со своей любовницей.
В операции участвовал Карл Шульмейстер — тайный агент Бонапарта, прекрасно владевший немецким языком. Он следил за французскими эмигрантами, проживавшими у Рейна. После донесений Шульмейстера Наполеон поручил похитить герцога. Разработкой плана занялся Талейран. Стендаль отмечал: «Талейран без устали твердил Наполеону, что спокойным за свою династию он сможет быть только тогда, когда уничтожит Бурбонов». Дипломат сообщил Бонапарту, что герцог Энгиенский планирует его убийство.
Шульмейстер захватил любовницу герцога и увез ее в Бельфор. После этого он направил жертве письмо от имени этой женщины, в которой она якобы просила вызволить ее из плена. Принца обвели вокруг пальца; не подозревая обмана, он бросился спасать возлюбленную.
Герцога Энгиенского арестовали, обвинили в заговоре и казнили в Венсенском лесу 21 марта 1804 года. Ему был 31 год. Любовница герцога так и не узнала, каким было истинное положение дел. В Петербурге объявили траур; Александр I лично знал герцога. Русский дипломатический сотрудник во Франции направил Шарлю Талейрану ноту, в тексте которой говорилось об «огорчении и изумлении» царя в связи с расстрелом герцога Энгиенского. Князь Адам Чарторыйский заявил, что «французское правительство запятнано ужасным убийством». Талейран впоследствии уничтожил все документы, свидетельствовавшие о его причастности к этому делу.