Нынешний герб Утрехта оформился к концу 16 века. За основу была взята эмблема епископства Утрехтского, под властью которого населенный пункт находился несколько веков. Учрежденное в конце 7 века епископство регулярно провоцировало конфликты светской и церковной властей. В результате в 1527 году последний князь—епископ Утрехта был вынужден отказаться от светской власти в пользу императора Карла V.
Белый и красный цвета герба стали данью уважения истории города.