Стилистика эмблемы Эстонии уходит корнями в XIII век, когда датский король Вальдемар II пожаловал Таллину герб с тремя львами. Изображение напоминало герб Датского королевства. Этот же мотив был позднее перенесён на герб Эстляндской губернии, утверждённый Екатериной II.
Эмблема была официально принята как государственный символ в 1925 году. В 1940—1991 годах использование герба было запрещено советской властью. Эмблема восстановлена в 1990—м и официально утверждена в 1993—м.