Две попытки
ОГПУ дважды наступала на Академию наук. Первый этап формирования дела связан с провалом кандидатов-коммунистов во время избрания в члены Академии в январе 1929 года. Если верить советским газетам, народ требовал реорганизовать Академию наук. В них так же печатались политические характеристики академиков, указывающие на их якобы контрреволюционное прошлое. Вскоре коммунисты Деборин, Лукин и Фриче были избраны, а кампания в газетах и на заседаниях как началась, так и прекратилась.
Второй приступ Академии наук начался в августе 1929 года. Чтобы «очистить» Академию наук от «врагов народа» в Ленинград направили правительственную комиссию во главе с Ю. П. Фигатнером. К декабрю результатом работы комиссии было увольнение 128 штатных сотрудников (всего их было 960) и 520 сверхштатных (всего — 830). Наиболее серьёзно пострадали от действий комиссии Библиотека Академии наук и Пушкинский дом. Их возглавлял историк, профессор Сергей Платонов.
Первые аресты
В конце 1929 года начались аресты сотрудников Академии наук, в основном историков-архивистов. Одновременно с этим в столице шла активная подготовка к грядущим показательным процессам над «вредителями». Ленинградское отделение ОГПУ начало фабриковать дело о «монархическую контрреволюционную организацию», в которой якобы состояли арестованные учёные. В январе 1930 года были арестованы Сергей Платонов и всего его ближайшие сотрудники. Под арестом оказался и Евгений Тарле, его следствие прочило сначала министром иностранных дел при «Промпартии», затем «выяснились» подробности о «Трудовой крестьянской партии», а потом, «внезапно», ОГПУ узнало о «Правительстве Платонова».
Всего в декабре 1929 — декабре 1930 годов по «Академическому делу» были арестованы свыше 100 человек (главным образом специалисты в области гуманитарных наук). К «делу» были привлечены также уже находившиеся в ссылке или в заключении бывшие сотрудники Академии наук.
Сеть гуманитарной контры по всей стране
Для того, чтобы дело выглядело более серьёзным, выдуманным партиям приписывали в качестве ячеек провинциальные отделения Центрального бюро краеведения. В этих «филиалах» были дополнительно произведены аресты краеведов. А в Ленинградский ДПЗ привезли из ссылок и лагерей осуждённых ранее гуманитариев. Общее число привлечённых по делу составило 115 человек.
Открытый процесс по делу так и не состоялся. Судьбу арестованных решило само ОГПУ во внесудебном порядке постановлением от 8 августа 1931 года. К различным срокам заключения и ссылки были приговорены 29 человек, в том числе С. Ф. Платонов, Е. В. Тарле, Н. П. Лихачёв, М. К. Любавский (умер в ссылке в 1936 году), старший учёный хранитель Пушкинского дома Н. В. Измайлов, востоковед А. М. Мерварт, С. В. Рождественский (умер в ссылке в 1934 году), филолог А. А. Петров (расстрелян в 1938 году), Ю. В. Готье, С. В. Бахрушин, Д. Н. Егоров (умер в ссылке в 1931 году), В. Н. Бенешевич (расстрелян в 1938 году) и другие.
Расстрелы и ссылки
В феврале — августе 1931 года постановлениями ОГПУ группа бывших офицеров гвардии, работавших в различных учреждениях Академии наук (А.А. Кованько, Ю. А. Вержбицкий и др.), была приговорена к расстрелу; к заключению и ссылке были приговорены: группа научных сотрудников учреждений Академии наук, Русского музея, Центрархива и др. (в их числе А. С. Путилов, С. В. Сигрист, Н. С. Платонова, Ф. Ф. Скрибанович, Б. М. Энгельгардт, А. А. Достоевский (племянник писателя), А. А. Бялыницкий-Бируля, М. Д. Присёлков, С. И. Тхоржевский, А. И. Заозерский и др.),
группа сотрудников АН, связанных с экспедиционной работой (Н.В. Раевский, П. В. Виттенбург, Д. Н. Халтурин и др.), так называемая «церковная группа» (священники А. В. Митроцкий, М. В. Митроцкий, бывший профессор Петроградской духовной академии А. И. Бриллиантов, учёный хранитель Азиатского музея М. М. Гирс и др.), так называемая «немецкая группа» (профессор Э. Б. Фурман, пастор А. Ф. Фришфельд и др.), группа издательских работников (Ф.И. Витязев-Седенко, С. С. и Е. Г. Барановы-Гальперсон).