Волнения 1923 года привели к арестам, а затем стихли ввиду изменения административной принадлежности Шахтинского района и последовавшей смене руководства. История получила развитие в мае 1927 года. Они, как свидетельствует заместитель секретаря Шахтинско-Донского окружкома Кравцова в письме в ЦК от 20 мая, были вызваны введением новых повышенных норм и пониженных расценок по новому коллективному договору, в результате которого реальная зарплата упала практически вдвое.
Тогда выступления вызвали широкий резонанс. С санкции Сталина полномочный представитель ОГПУ по Северному Кавказу Ефим Евдокимов провел массовые аресты специалистов, начальников рудоуправлений и сотрудников трестов. Всего было арестовано несколько сотен человек: одна часть арестованных была освобождена, другая — 82 человека — осуждены во внесудебном порядке Коллегией ОГПУ, под суд по делу «Об экономической контрреволюции в Донбассе» было отправлено 53 человека.
Следствие подозревало «буржуазных специалистов» в подрыве производства. Чекисты долгое время изучали то, кто из старых служащих, работавших ещё при капиталистическом строе, до сих пор работает, но уже при советской власти. По сути, именно «шахтинское дело» стало началом «охоты на ведьм» среди интеллигенции.
«Шахтинское дело» рассматривал специальный состав Верховного Суда СССР: председатель — ректор МГУ Вышинский, члены — Н. Васильев-Южин, Антонов-Саратовский, Н. Курченко и С. Киселев. Государственными обвинителями были прокурор РФСРР М. Криленко и Г. Рогинський, общественными — Г. Гринько, С. Шейн, Крумин и Осадчий. Защищали подсудимых 15 известных московских адвокатов.
Ход процесса освещало 120 журналистов. Подсудимыми же являлись 53 инженерно-технических работника угольной промышленности, среди которых — руководители «Донуголь», Управление нового строительства Донбасса, 5 директоров шахт и рудоуправлений, 5 главных инженеров шахт, четыре немецких специалисты и другие. Они были обвинены в принадлежности к «контрреволюционной организации», действовавшей в 1922—1928 в Шахтинском округе и других районах Донбасса, в Харькове и Москве.
Процесс над «контрой» стал отличным способом для советской власти показать, кто же на самом деле виноват в советских неудачах на промышленном фронте. Об этом писал, умерший в 1928 году, член-корреспондент АН СССР Владимир Грум-Гржимайло: «Все знают, что никакого саботажа не было. Весь шум имел целью свалить на чужую голову собственные ошибки и неудачи на промышленном фронте… Им нужен был козел отпущения, и они нашли его в куклах шахтинского процесса».
Р. А. Медведев приводит интересное свидетельство старого чекиста С. О. Газаряна, долгое время работавшего в экономическом отделе НКВД Закавказья (и арестованного в 1937 году). Газарян рассказывал, что в 1928 году он приезжал в Донбасс в порядке «обмена опытом» работы экономических отделов НКВД. По его словам, в Донбассе в тот период обычным явлением была преступная бесхозяйственность, ставшая причиной многих тяжелых аварий с человеческими жертвами (затопления и взрывы на шахтах и другое). И в центре, и на местах советский и хозяйственный аппарат был еще несовершенен, там было немало случайных и недобросовестных людей, в ряде хозяйственных и советских организаций процветали взяточничество, воровство, пренебрежение интересами трудящихся.
За все эти преступления необходимо было, конечно, наказывать виновных. Не исключено, что в Донбассе были и единичные случаи вредительства, а кто-то из инженеров получал письма от какого-либо бывшего хозяина шахты, бежавшего за границу. Но все это не могло служить основанием для громкого политического процесса. В большинстве случаев обвинения во вредительстве, в связях с различного рода «центрами» и заграничными контрреволюционными организациями добавлялись уже в ходе следствия к различным обвинениям уголовного характера (воровство, взяточничество, бесхозяйственность и др.).
Обещая заключенным за «нужные» показания смягчение их участи, следователи шли на такой подлог якобы из «идейных» соображений: «необходимо мобилизовать массы», «поднять в них гнев против империализма», «повысить бдительность». В действительности же эти подлоги преследовали одну цель: отвлечь недовольство широких масс трудящихся от партийного руководства, поощрявшего гонку за максимальными показателями индустриализации.
Понятие «шахтинцы» стало нарицательным, как бы синонимом «вредительства». «Шахтинское дело» послужило поводом к продолжительной пропагандистской кампании. Публикация материалов о «вредительстве» в Донбассе вызвала в стране эмоциональную бурю. В коллективах требовали немедленного созыва собраний, организации митингов. На собраниях рабочие высказывались за усиление внимания администрации к нуждам производства, за усиление охраны предприятий.
Из наблюдений ОГПУ в Ленинграде: «Рабочие тщательно обсуждают сейчас каждую неполадку на производстве, подозревая злой умысел; часто слышны выражения: «не второй ли Донбасс у нас?» В форме «спецеедства» выплеснулся на поверхность чрезвычайно больной для рабочих вопрос о социальной справедливости. Наконец-то «нашлись» конкретные виновники творящихся безобразий, люди, воплощавшие в себе в глазах рабочих источник многочисленных случаев ущемления их прав, пренебрежения их интересами: старые специалисты, инженерно-технические работники — «спецы», как их тогда называли. Происками контрреволюции объявлялись в коллективах, например, задержка с выплатой заработка на два-три часа, снижение расценок и так далее.
Согласно материалам следствия, указание на необходимость начала вредительских действий было отдано служащим бывшими владельцами на совещании владельцев и инженеров в Ростове-на-Дону в 1920 году во время съезда совета горнопромышленников, который происходил после освобождения Донбасса частями Красной Армии. До 1924 года инженеры выполняют указания в индивидуальном порядке, с 1922 пытаются восстановить связь с организаторами вредительства, используя личную переписку.
С 1922 года на рудниках формируются вредительские организации, которые получают деньги от бывших собственников для «за сохранение в порядке отобранных у них шахт, за переоборудование и улучшение их и, наконец, за сокрытие от советской власти наиболее ценных месторождений с тем, чтобы наиболее важные подземные богатства к моменту падения Советской власти могли быть возвращены хозяевам нетронутыми и неистощенными». На финансирование вредительской деятельности зарубежной разведкой и контрреволюцией было выделено до 700 тысяч рублей. При этом, технический персонал шахт и рудников свои вредительские действия отрицал, объясняя их «неполадками».
Во время судебного следствия «признали» свою вину полностью 20 обвиняемых, частично — 11, не признали — 22. Приговор был объявлен 5 июля 1928 года: 11 человек были приговорены к высшей мере наказания — расстрелу. Инженеры Н. Н. Горлецкий, Н. А. Бояринов, Н. К. Кржижановский, А. Я. Юсевич и служащий С. 3. Будный были расстреляны 9 июля 1928 года. Для шести остальных (Н. Н. Березовский, С. П. Братановский, А. И. Казаринов, Ю. Н. Матов, Г. А. Шадлун и Н. П. Бояршинов) расстрел был заменён 10 годами. Четверо обвиняемых (в том числе двое германских граждан) были оправданы и четверо (в том числе один немец) приговорены к условным срокам наказания. Остальные — к лишению свободы сроком от 1 до 10 лет с поражением в правах на срок от 3 до 5 лет.
В конце 2000 года все осужденные были реабилитированы. Как сообщает Генеральная Прокуратура РФ, 6 июля 1928 года 49 специалистов Донбасса были приговорены к различным мерам наказания Верховным судом СССР под председательством ректора МГУ Андрея Вышинского. В качестве обвинения фигурировало создание «вредительских групп в ряде рудоуправлений Донбасса, правлении треста «Донуголь» и в правлении ВСНХ СССР» с целью нанесения вреда советской власти. Обвинение утверждало, что определённо «оперировало фактами аварий и затоплений на шахтах, а также антисоветских высказываний ряда лиц». Комиссия по реабилитации при Прокуратуре РФ выявила фальсификации доказательных материалов и отсутствие вины у осужденных.