К античности восходит мнение о бисексуальности Александра, в качестве партнёров называют его близкого друга Гефестиона и фаворита Багоя. Царь часто сравнивал себя с Ахиллом, а Гефестиона — с Патроклом. При этом в Древней Греции двух героев «Илиады», как правило, считали гомосексуальной парой.
Любопытно, что поступки и облик знаменитого завоевателя в корне отличны от расхожего представления о гомосексуалистах как слабых, женоподобных и изнеженных созданиях. Сильный и мужественный Александр не раз в пылу битвы бросался в бой, получив множество ранений. Трижды вступал он в брак, однако это были политические союзы, и своим супругам Александр уделял мало внимания. С ранней юности император обожал своего лучшего друга Гефестиона, и тот отвечал ему взаимностью. Скорбь Александра, пережившего своего любимого, была так сильна, что он приказал казнить лекаря, который не сумел помочь другу. Следующим любовником великого полководца был юноша-перс Багоас, остававшийся в фаворитах до самой смерти Александра.
У македонских аристократов нередко практиковались связи с мужчинами с юношеских лет. Родственники сквозь пальцы смотрели на подобные отношения и обычно проявляли беспокойство, только если юноша не выражал интереса к женщинам в зрелости, что создавало проблемы для продолжения рода.
Однако Плутарх в «Сравнительных жизнеописаниях» рассказывает о том, что совершенно противоположно мнению о гомосексуальности Александра: «Однажды Филоксен, командовавший войском, стоявшим на берегу моря, написал Александру, что у него находится некий тарентинец Феодор, желающий продать двух мальчиков замечательной красоты, и осведомлялся у царя, не хочет ли он их купить. Александр был крайне возмущен письмом и не раз жаловался друзьям, спрашивая, неужели Филоксен так плохо думает о нём, что предлагает ему эту мерзость. Самого Филоксена он жестоко изругал в письме и велел ему прогнать прочь Феодора вместе с его товаром. Не менее резко выбранил он и Гагнона, который написал, что собирается купить и привезти ему знаменитого в Коринфе мальчика Кробила».
Вообще гарем Александра Македонского исчислялся 360 наложницами, из которых выделяют Кампаспу, она была его любовницей на протяжении 2 лет начиная с 336 года, и Барсину, которая была старше Александра на 7 лет и стала матерью его незаконнорожденного сына Геракла. Кроме того, известны его отношения с королевой амазонок Фалестрис и индийской царевной Клеофис.
Супруги у Александра было три. Первой стала бактрийская княжна Роксана, которую царь взял в жены, когда невесте было только 14 лет. Они поженились в 327 году. Она родила единственного официально признанного ребенка великого полководца — сына Александра. Через 3 года царь женился одновременно на двух персидских царевнах — дочери царя Дария Статире и дочери царя Артаксеркса III Парисатиде. Оба этих дополнительных брака считаются совершенными исключительно из политических соображений. Правда, это не помешало первой жене Роксане воспылать ревностью и убить Статиру на этой почве сразу после смерти мужа.
В целом, Александр Македонский имел достаточно передовые взгляды для своего времени на отношения с женщинами, которых очень уважал и считал практически равными мужчинам, хотя даже его учитель Аристотель настаивал на второстепенной роли женщин.