Армию крестоносцев возглавил император Священной Римской империи Сигизмунд. Вождем гуситов стал Ян Жижка. Примечательно, что до роли полководца Жижка несколько лет руководил шайкой разбойников, а в молодости был пажом при дворе Вацлава IV. На момент начала военных действий ему было больше 60 лет. Войско Сигизмунда состояло из венгерских, польских, немецких и итальянских рыцарей. Крестоносцы осадили Прагу и заняли все стратегически важные точки, кроме одной — холма на востоке. Жижка занял этот холм; армия Сигизмунда атаковала его, но потерпела поражение. Другую часть войск польский полководец повел в атаку с юга.
Численность крестоносцев таяла из-за внезапно вспыхнувшей эпидемии. Кроме того, императора покинули почти все немецкие воины. Жижка развязал партизанскую войну. Учитывая жестокость, которую проявляла императорская армия к местным жителям, неудивительно, что число последователей Жижки росло с каждым днем.
Из-за внутренних противоречий в рядах крестоносцев первый поход обернулся для них поражением. Однако осенью 1421 года войско вновь вернулось в Чехию. Главной стратегической целью Сигизмунда был город Кутна-Гора. Во-первых, здесь находились серебряные шахты, во-вторых, этот населенный пункт отличался удобным расположением, позволявшим взять под контроль значительную часть Чехии. Союзником гуситов стало православное войско из Великого княжества Литовского.
21 декабря крестоносцы подошли к городу; гуситы к этому моменту укрепились на холме к западу от населенного пункта. Ночью преданные Сигизмунду горожане открыли ворота, и воины императора проникли в город. Чешский полководец сумел выйти из окружения. Его армия остановилась под Колином. В январе Жижка атаковал отряд под Небовидами, после чего направился к Кутна-Гора. Кратковременный успех позволил ему начать интервенцию в Венгрию, однако эта инициатива закончилась неудачей.
Тем временем обострились противоречия внутри гуситского движения. Радикальное крыло развязало войну против умеренного. Жижке удалось восстановить единство. 11 октября 1424 года он скончался от чумы. Его преемником стал священник Прокоп Большой.
Третий крестовый поход в Чехию начался в 1425-м. Одним из нововведений гуситов стал вагенбург — укрепление из повозок, которое строилось для того, чтобы отстоять стратегически важное место на поле битвы. К 1425 году в войске гуситов намного больше профессиональных бойцов, нежели чем в начале конфликта. Кроме того, гуситы получили поддержку польской знати, опасавшейся усиления немецкого влияния. Прокоп Большой отразил атаку противника и осадил Ауссиг. Численность его войск составляла около 25 тысяч человек. Немцы потерпели поражение.
Четвертый крестовый поход не ознаменовался для крестоносцев успехом. В 1431-м был предпринят еще один поход, однако войска императора были разбиты. В 1431-м Папа Римский Мартин V созвал Базельский собор, где присутствовало посольство гуситов. Разрешить конфликт дипломатическим путем не удалось. Тем временем в Чехии нарастали противоречия внутри движения: умеренные гуситы были готовы пойти на компромисс с католиками. 30 мая 1434 года радикальные и умеренные гуситы столкнулись в битве у Липан, победу одержали последние. В 1436 году Чехия приняла условия Сигизмунда.
Длительная война значительно ослабила экономику Чехии. Сельское хозяйство находилось в упадке, выросли цены на продукты, закрылись ремесленные мастерские. Ян Жижка стал национальным героем чешского народа, ему посвящены литературные произведения и художественные фильмы.