Михаил Булгаков начал работу над романом в конце 1920-х годов. Однако уже через несколько лет, после того, как узнал, что цензура не пропустила его пьесу «Кабала святош», своими руками уничтожил всю первую редакцию книги, которая занимала уже больше 15 глав. «Фантастический роман» — книгу под иным заголовком, но с похожей идеей — Булгаков писал до 1936 года. Варианты названий постоянно менялись: одни из самых экзотичных — «Великий канцлер», «Вот и я» и «Пришествие».
К окончательному названию «Мастер и Маргарита» — оно появилось на титульном листе рукописи — автор пришёл только в 1937 году, когда произведение переживало уже третью редакцию. «Установилось название для романа — «Мастер и Маргарита». Надежды на напечатание его — нет. И все же М. А. правит его, гонит вперёд, в марте хочет кончить. Работает по ночам», — напишет в своём дневнике третья жена Михаила Булгакова Елена, которую принято считать основным прототипом Маргариты.
Известен миф, что якобы Булгаков во время работы над «Мастером и Маргаритой» употреблял морфий. Однако, как утверждают исследователи его творчества, автор не употреблял наркотики в тот период — морфий остался в далёком прошлом, когда Булгаков ещё работал сельским врачом.
Многие вещи, которые описаны в романе Булгакова, существовали в реальности — писатель просто перенёс их в свою отчасти вымышленную вселенную. Поэтому, собственно, в Москве достаточно много так называемых булгаковских мест — Патриаршие пруды, гостиница Метрополь, гастроном на Арбате.
«Помню, как Михаил Афанасьевич повёз меня знакомиться к Анне Ильиничне Толстой и к мужу её Павлу Сергеевичу Попову. Жили они тогда в Плотниковом переулке, на Арбате, в подвальчике, впоследствии воспетом в романе «Мастер и Маргарита». Уж не знаю, чем так приглянулся подвальчик Булгакову. Одна комната в два окна была, правда, пригляднее, чем другая, узкая, как кишка… В коридоре лежал, раскинув лапы, щенок-боксер Григорий Потапыч. Он был пьян», — вспоминала вторая жена Булгакова Любовь Белозёрская.
Образ булгаковской Москвы начал формироваться уже в 1920-е годы, а с появлением «Мастера и Маргариты» он окончательно закрепился. По Булгакову, Москва — город, окутанный сухим туманом, из которого выступают странные картины и очертания.
В романе не стоит искать точных дат, адресов и названий улиц. Но важно отметить, что Булгаков старался избегать «устаревших» реалий. Так, после трагической гибели Берлиоза Иван Бездомный отправляется в погоню за «профессором» и выходит к Храму Христа Спасителя, где была устроена гранитная купель. По замыслу автора, здесь поэт должен был пройти через «крещение». Однако в 1931 году храм был взорван, поэтому Булгаков убрал его и из текста.
Летом 1938 года впервые был перепечатан полный текст романа, однако Булгаков правил его вплоть до самой смерти. Он писал своей жене: «Передо мною 327 машинописных страниц (около 22 глав). Если буду здоров, скоро переписка закончится. Останется самое важное — корректура авторская, большая, сложная, внимательная, возможно с перепиской некоторых страниц».
Кстати, следы морфина, которые обнаружили учёные на страницах рукописей, связаны с тем, что автор работал, преодолевая мучительные страдания. Порой он не мог писать сам — тогда он диктовал жене.
Последние правки были внесены 13 февраля 1940 года. «По этим правкам и дополнениям видно, что его ум и талант нисколько не ослабевали. Это были блестящие дополнения к тому, что было написано раньше», — отмечала в своих дневниках Елена Булгакова.
Роман фактически так и не был завершён и при жизни автора не публиковался. Булгаков перед смертью просил жену сохранить рукопись и опубликовать «Мастера и Маргариту», «чтоб знали… чтобы знали». Он видел свою работу как бессмертное послание человечеству. Впервые сокращённый вариант романа напечатал журнал «Москва» в 1966 году.